(Sau khi chiếm được thành Thăng Long, Tiết chế Trịnh Tùng tiếp tục điều động quan quân đánh dẹp tàn dư ho Mạc, cùng rước Vua ra Bắc. Từ Phú Xuân, Thái úy Nguyễn Hoàng mang quân ra Bắc, giúp đánh tan quân Mạc tại Sơn Nam, Hải Dương; rồi phò Vua Thế Tông lên ải Nam Quan để xin nhà Minh sách phong.)
Mạc Đăng Dung tiếm ngôi từ năm Đinh Hợi [1527], đặt niên hiệu là Minh Đức năm thứ 1; truyền 5 đời, đến năm Nhâm Thìn [1592], Hồng Ninh năm thứ 3, Mạc Mậu Hợp bị bắt. Các sử gia xưa, với lối phân biệt “chính thống, ngụy triều”, chép năm đời họ Mạc phụ vào triều Lê. Quan điểm của chúng tôi thiên về thực tế; thấy phe nào thực sự cai trị với tầm mức rộng lớn hơn đối với quốc gia, thì chép làm chính. Xét thời gian từ năm 1527 Mạc Đăng Dung lên ngôi; đến năm 1592 Mạc Mậu Hợp bị giết; khoảng thời gian này họ Mạc cai trị gần cả nước, thế lực nhà Lê chỉ nằm trong mấy tỉnh miền Trung, nên chúng tôi lấy triều Mạc làm chính. Bởi vậy vua Lê Thế Tông tuy lên ngôi từ năm Gia Thái thứ 1 [1573] đến năm Quang Hưng thứ 15 [1592], trong vòng 20 năm đầu, thế lực chủ yếu của phe nhà Vua chỉ nằm trong mấy tỉnh miền Trung, nên vẫn chép phụ vào nhà Mạc. Đến lúc Mạc Mậu Hợp chết, nhà Vua chính thức ngự trị tại thành Thăng Long, tuy rằng tàn dư họ Mạc vẫn còn, nhưng đã trở thành thiểu số, bấy giờ bắt đầu bước vào kỷ nhà Lê trung hưng.
Ngày mồng 9 tháng giêng năm Quang Hưng thứ 16 [9/2/1593] (Minh Vạn Lịch năm thứ 21); Tiết chế Trịnh Tùng đốc suất đại quân qua sông Nhị Hà sang phía đông dẹp tàn quân họ Mạc, ngày đêm đi gấp, thẳng lối Thanh Lâm [huyện Nam Sách, Hải Dương] mà tiến. Ngày 12 [12/2/1593], đóng dinh ở huyện Cẩm Giàng [Hải Dương], đại hội các tướng bàn chia quân tiến theo cả hai đường thuỷ bộ, vượt sông, đánh gấp. Sai Thái úy Vinh quận công Hoàng Đình Ái và Thái úy Dương quận công Nguyễn Hữu Liêu thống lĩnh tướng sĩ các dinh cơ thuỷ bộ tiến đến huyện Thanh Lâm. Bấy giờ, quân của Mạc Kính Chỉ không dưới 6, 7 vạn người, đem hết ra giữ huyện Thanh Lâm, cách bờ nhờ sông làm thế hiểm, đóng dinh, đặt trại, dàn trống giăng cờ; nhưng quân ô hợp, chưa qua huấn luyện. Tiết chế Trịnh Tùng truyền phát súng lệnh, thúc quân qua sông để đánh phía thượng lưu. Hoàng Đình Ái qua sông chỗ hạ lưu đánh phía sau. Nguyễn Hữu Liêu đem thuỷ quân vây kín bốn mặt, đón chặt lối chạy. Bốn phương đều phát súng lệnh, ba quân đua sức dồn đánh, như cuốn chiếu đuổi dài.
Kính Chỉ và họ hàng trai gái đều trốn vào rừng núi. Quan quân đuổi đến các huyện Đông Triều [Quảng Ninh], Chí Linh [Hải Dương], dò bắt được bọn An Sơn Vương Mạc Kính Thành, Hoàng Lương công Mạc Lý Hữu, Quận công Trần Việt, Bùi Chỉ, Tán lý Nguyễn Nhân Triêm, đều đem chém hết. Ngoài ra chém thủ cấp giặc, thu được thuyền ghe khí giới nhiều không kể xiết. Ngày 13 [13/2/1593], tiến đến Chí Linh. Phủ tiết chế lại chia quân đánh đuổi. Ngày 14 [14/3/1593], bắt được Kính Chỉ ở thôn Tân Manh, huyện Hoành Bồ, xứ Yên Quảng [Quảng Ninh]. Ngày 27 [27/2/1593], các tướng đưa bọn con cháu họ Mạc bắt được nộp ở cửa dinh; Tiết chế Trịnh Tùng sai đem ra chém cả ở Thảo Tân [ga Hàng Cỏ, Hà Nội], lại sai người đem đầu Mạc Kính Chỉ đến hành tại Vạn Lại ở Thanh Hóa dâng dưới cửa khuyết.
Tháng 2 [3/3-1/4/1593], Tiết chế Trịnh Tùng sai tướng hiệu tả hữu là bọn Trà quận công Nguyễn Đình Luân, Liêm quận công Lưu Trản đem tinh binh đánh dẹp các huyện Lục Ngạn [tỉnh Bắc Giang], An Bác [huyện Sơn Động, tỉnh Bắc Giang]. Bấy giờ, bọn đầu sỏ đảng giặc là anh em Tú Cục, Tú Tiết đem hơn 1.000 đồ đảng tới hàng, sau lại manh tâm làm phản nên Đình Luân, Lưu Trản bắt được, giết chết cả; dư đảng chúng sợ hãi tan vỡ trốn vào rừng núi. Trước đây, Ứng Vương của họ Mạc là Mạc Đôn Nhượng chạy trốn đến huyện An Bác, sợ hãi quá thành bệnh mà chết, người nơi ấy chôn tại cạnh chùa.
Tháng 3 [2/4-30/4/1593], Mạc Ngọc Liễn trốn lên phương bắc, tìm được người con của Mạc Kính Điển là Đôn Hậu Vương Mạc Kính Cung ở châu Văn Lan [Lạng Sơn], bèn lập làm người nối nghiệp họ Mạc, đặt niên hiệu là Càn Thống năm thứ 1. Bấy giờ, nhiều người còn giữ hai lòng, chưa quy phục hết, nghe tin lập Kính Cung, liền rủ nhau theo. Có mấy chục dư đảng của họ Mạc mê hoặc lòng người, tụ tập thành bọn, cướp bóc các châu huyện, chia nhau chiếm cứ các nơi. Từ sông Nhị Hà trở lên phía bắc, binh đao hết nơi này đến nơi khác, khói lửa không lúc nào ngớt. Bọn lớn kết thành ba chục đảng, bọn nhỏ cũng không dưới mấy chục nhóm. Đô Ninh ở Chân Định [huyện Vũ Thư, Thái Bình], tự xưng là Kiến quốc công, chiếm giữ phủ Kiến Xương [Thái Bình] ; Ất Kỹ tự xưng là Cương quốc công, chiếm giữ huyện Cẩm Giàng; Thái quốc công chiếm giữ huyện Gia Phúc; Hoa quốc công chiếm giữ phủ Khoái Châu [Hưng Yên]; Nghiêm quốc công chiếm giữ huyện Tứ Kỳ [Hải Dương]; Khánh quốc công chiếm giữ huyện Sơn Dương [Tuyên Quang] ; Đức quốc công chiếm giữ huyện Hạ Hoa [huyện Hạ Hòa, Phú Thọ] ; Mỹ Thọ hầu chiếm giữ huyện Thanh Ba [Phú Thọ]; Uy Vương Mạc Kính Dụng chiếm giữ Thái Nguyên, Tráng Vương Mạc Kính Chương chiếm giữ huyện Thiên Thi [Hưng Yên]; Nghĩa quốc công chiếm giữ phủ Tân Hưng (1) ; Văn quốc công chiếm giữ huyện Tam Dương [Vĩnh Phúc]; Cẩm quốc công chiếm giữ huyện Thanh Trì [Hà Nội]; Trung quốc công chiếm giữ huyện Phổ Yên [Thái Nguyên]; Phúc quốc công chiếm giữ huyện Hữu Lũng [Lạng Sơn]. Bọn lớn thì hơn vài nghìn người, bọn nhỏ thì 7, 8 trăm người; đến đâu dân cũng hưởng ứng. Ngày 21 [22/4/1593], đảng nguỵ ở các nơi đều dấy binh tiến ra sông Nhị, đến bến Bồ Đề [Bắc Ninh], đốt phá cầu phao ở Bát Tràng; nhân dân các huyện ở hai xứ Hải Dương, Kinh Bắc đều dựng cờ hưởng ứng theo giặc. Ngày 23 [24/4/1593], Tiết chế Trịnh Tùng sai các tướng chia quân qua sông đánh phá, chém được hơn vài nghìn thủ cấp, bọn đảng nguỵ tan chạy, các châu huyện đều dẹp yên.
Ngày 25 [26/4/1593], viên thổ quan ở Đại Đồng [Tuyên Quang] là Hoà Thắng hầu Vũ Đức Cung, cháu Vũ Văn Mật, đem hơn 3.000 quân bản bộ về Kinh quy phục triều đình, dâng 10 mâm vàng bạc châu báu, một pho tượng bằng bạc thay mình, 2 bình hoa bạc, 1 lư hương bạc, 1 đôi hạc bằng bạc, 30 con ngựa tốt, đến cửa dinh lạy chào. Tiết chế Trịnh Tùng dâng biểu tâu, thăng cho Cung làm Bắc quân đô đốc phủ hữu đô đốc, Thái bảo Hoà quận công. Bấy giờ, Tiết chế Trịnh Tùng sai thợ xây dựng cung điện, làm hành tại ở phía tây nam thành Thăng Long, phía bắc Cầu Dừa, 1 tháng làm xong. Rồi sai các đại thần và các quan văn võ sắm bày cờ xí, chỉnh đốn binh tượng, để chuẩn bị đón Vua. Lúc ấy, Vua từ hành tại Vạn Lại [Thanh Hóa], tháng 3 khởi hành, qua thành Tây Đô, tiến thẳng ra Thiên Quan [huyện Nho Quan, Ninh Bình], đi 1 tháng đến huyện Thanh Oai [Hà Tây] thì đóng quân. Tiết chế Trịnh Tùng đem các quan văn võ đến huyện Thanh Oai đón rước thánh giá, cử nhã nhạc cùng đi về Kinh.
Ngày 16 tháng 4 [16/5/1593], Vua lên chính điện, nhận lễ chúc mừng của trăm quan; đại xá thiên hạ, ban chiếu phủ dụ thần dân.
Khi xét công ban thưởng, gia phong Hoàng Đình Ái làm hữu tướng thái uý Vinh quốc công; Nguyễn Hữu Liêu là thái uý Dương quốc công; Trịnh Đỗ làm thái phó; Trịnh Đồng, Trịnh Ninh đều làm thái bảo; Lê Bách làm thiếu uý Bản quận công; Hà Thọ Lộc làm thiếu uý; Ngô Cảnh Hựu, Trịnh Văn Hải đều làm thiếu bảo; Lại bộ thượng thư Nguyễn Mậu Tuyên làm thiếu phó Quỳnh quận công. Những người khác đều được gia thăng chức tước theo thứ bậc khác nhau.
Tháng 5 [30/5-28/6/1593], Thái phó Đoan quận công Nguyễn Hoàng từ Thuận Hoá đích thân đem tướng sĩ, thuyền ghe về kinh đô lạy chào, dâng sổ sách về bình lương, tiền, lụa, vàng bạc, châu báu, kho tàng của hai trấn Thuận Hoá và Quảng Nam. Tiết chế Trịnh Tùng tâu cho Hoàng làm Trung quân đô đốc phủ tả đô đốc chương phủ sử thái uý Đoan quốc công, sai tổng đốc tướng sĩ bản dinh và thống lĩnh 300 chiếc thuyền lớn nhỏ của thuỷ quân các xứ Nam đạo đi đánh giặc biển ở các xứ Sơn Nam và Hải Dương.
Trước đây, nguỵ Kiến quốc công dấy quân chiếm giữ phủ Kiến Xương [tỉnh Thái Bình] đắp luỹ đất trên bờ sông phía đông, từ các huyện Dương Hà, Vũ Tiên xuống đến Chân Định. Nghĩa quốc công dấy quân chiếm giữ huyện Thanh Lan [huyện Thái Thụy, Thái Bình], đều tụ họp đến vài vạn quân, cắm cọc gỗ ở các xứ cửa sông Hoàng Giang (2) để chống lại quan quân. Tiết chế Trịnh Tùng sai bọn tướng Nam đạo là Bùi Văn Khuê và Trần Bách Niên đem quân đi đánh, hơn một tháng không phá nổi. Đến đây sai Nguyễn Hoàng thống lĩnh các dinh thuỷ binh đi đánh. Khi đến nơi, Hoàng sai lấy hoả khí và súng lớn bắn đồng loạt, phá tan lũy giặc. Bọn giặc sợ chạy; quan quân thừa thắng đuổi theo, chém đến hàng vạn tên, bắt sống tướng giặc đem chém. Các phủ Tiên Hưng, Kiến Xương bình được cả. Sau bọn nguỵ Tráng Vương Mạc Kính Chương, Thái quốc công, Hoa quốc công, Nghiên quốc công, Cẩm quốc công, Cường quốc công, Đông quốc công đều chiếm giữ vùng Hải Dương. Tiết chế Trịnh Tùng lại sai Nguyễn Hoàng đem quân đi tiễu trừ thu bắt. Hoàng đánh phá dẹp yên được hết, bắt sống rất nhiều tướng nguỵ, chém được quân giặc nhiều không kể xiết. Chỉ còn nguỵ Càn Thống Mạc Kính Cung và Mạc Ngọc Liễn cùng bọn giặc nguỵ Thứ vương, Khánh Vương Mạc Kính Khoan, Yên Dũng Vương, Đường quốc công, Đức quốc công, Đông quốc công, Văn quốc công, Trung quốc công, Phúc quốc công mà thôi.
Tháng 10 [24/10-22/11/1593], Thái bảo Hoà quận công Vũ Đức Cung tự xin về trấn giữ đất Đại Đồng [Tuyên Quang] để phòng giặc cướp, Tiết chế Trịnh Tùng cho đi. Ngày mồng 4 tháng 11 nhuận [26/12/1593], Nguyễn Quyện chết trong ngục. Trước đây, con Quyện là Nhuệ quận công Nguyễn Tín, Thọ Nham hầu Nguyễn Trù và con của Phù Hưng hầu Nguyễn Phủ là bọn Đô Mỹ, Văn Bảng, Nam Dương, An Nghĩa, Nhân Trí thấy vua Mạc bị bắt, bèn chịu quy thuận. Đến đây mưu phản, việc bị phát giác; bọn Nguyễn Tín, Đô Mỹ, Văn Bảng, Nhân Trí đều bị giết; Nam Dương, An Nghĩa, Thọ Nham lại trốn theo tàn dư họ Mạc.
Tháng giêng năm Quang Hưng thứ 17 [20/2-21/3/1594], (Minh Vạn Lịch năm thứ 22). Mạc Ngọc Liễn phò Mạc Kính Cung đến chiếm cứ huyện An Bác [huyện Sơn Động, tỉnh Bắc Giang]. Tiết chế Trịnh Tùng sai Hữu tướng Hoàng Đình Ái đem quân đi đánh.
Tháng 2 [22/3-19/4/1594], Đình Ái đốc quân đánh phá huyện An Bác, bắt sống tướng Mạc, Vạn Ninh Vương, Nghiêm quốc công và dư đảng, đều chém hết. Ngọc Liễn phải chạy sang phủ Tư Minh [Quảng Tây] xưng thần với nhà Minh. Sau Đình Ái đem quân về đến huyện Yên Dũng [Bắc Giang] bắt được tướng Mạc Phúc quốc công, rồi về.
Lúc này, các xứ Kinh Bắc, Thái Nguyên, Lạng Sơn, Sơn Nam can qua rối động. Nhà Minh hay sai người sang dò la sự tình, hầu như không ngày nào là không có.
Ngày 11 tháng 4 [30/5/1594], Mạc Kính Cung dùng Mạc Ngọc Liễn làm Thái phó đem quân chiếm giữ núi Yên Tử [huyện Đông Triều, Quảng Ninh], đánh cướp huyện Vĩnh Lại [Vĩnh Bảo, Hải Phòng], nhiều người theo về. Tiết chế Trịnh Tùng sai Thái úy Nguyễn Hoàng đem thuỷ quân tiến thẳng đến Hải Dương đánh tan. Ngọc Liễn chạy về huyện An Bác, sau chiếm giữ châu Vạn Ninh [Quảng Ninh]. Sau Mạc Kính Cung và bè đảng trốn sang ở Long Châu [Quảng Tây], hay đem người Long Châu về cướp các châu ở Lạng Sơn. Tiết chế Trịnh Tùng điều quân họp với quân Lạng Sơn đánh đuổi.
Ngày mồng 2 tháng 7 [17/8/1594], Thái phó Đà quốc công Mạc Ngọc Liễn đem quân chiếm giữ châu Vạn Ninh, bị ốm chết. Con là bọn phò mã Sơn Đông chạy sang Long Châu phụ theo Mạc Kính Cung. Khi Ngọc Liễn sắp lâm chung, có di chúc để lại khuyên Mạc Kính Cung rằng:
"Nay khí vận nhà Mạc đã hết, họ Lê lại phục hưng, đó là số trời. Dân ta là dân vô tội mà để phải mắc nạn binh đao, sao lại nỡ thế! Bọn ta nên tránh ra ở nước khác, chứa nuôi uy sức, chịu khuất đợi thời, xem khi nào mệnh trời trở lại mới có thể làm được. Rất không nên lấy sức chọi sức, hai con hổ tranh nhau tất có một con bị thương, không được việc gì. Nếu thấy quân họ đến thì ta nên tránh, chớ có đánh nhau, nên cẩn thận mà giữ là hơn. Lại chớ nên mời người Minh vào trong nước ta mà để dân ta phải lầm than đau khổ, đó cũng là tội lớn không gì nặng bằng".
Tráng Vương Mạc Kính Chương của họ Mạc đem quân đến cướp bóc các huyện Thanh Hà, Tứ Kỳ [đều thuộc Hải Dương]. Lại quốc công người huyện Vĩnh Lại mưu phản cũng đem quân bản huyện đi theo. Bấy giờ nhân dân các huyện ở Hải Dương mất mùa to, đói kém đến ăn thịt lẫn nhau, chết đói đến một phần ba.
Cũng vào tháng 2 [22/3-19/4/1594] tại Đại Đồng [Tuyên Quang], Hoà quận công Vũ Đức Cung, sau khi từ kinh đô trở về; ngầm chứa hai lòng, thông tin đi lại với Mỹ Thọ hầu của giặc, bí mật sai người xâm lược các huyện ở đầu nguồn, đánh phá các huyện Thanh Ba [Phú Thọ], Hạ Hoa [Phú Thọ]. Lại dời dân cư các huyện Đông Lan và Tây Lan [đều thuộc huyện Đoan Hùng, Phú Thọ] vào ở Đại Đồng. Tiết chế Trịnh Tùng sai Thái uý Nguyễn Hữu Liêu đem quân đến đánh đuổi, bắt được Mỹ Thọ hầu rồi về.
Tháng 10 [12/11-11/12/1594], Tiết chế Trịnh Tùng sai Thái uý Nguyễn Hoàng thống lĩnh thuỷ quân, Thái uý Nguyễn Hữu Liêu đốc suất bộ binh, hai đường tiến thẳng đến Đại Đồng, đánh phá dinh của Hoà quận công Vũ Đức Cung, chia quân đằng trước, đằng sau đánh ập lại. Đức Cung đem bọn con em chạy về Nghĩa Đô
Tháng 12 [10/1-8/2/1595], Vũ Đức Cung ở Đại Đồng sai người dâng nộp vàng bạc, của báu và ngựa, lại về Kinh vào chầu, thú tội xin tha; Vua y cho.
Ngày 22 tháng 3 [11/5/1594], Vua sai Thái úy Nguyễn Hoàng mang kim sách gia phong Minh Khang Thái Vương Trịnh Kiểm làm Minh Khang Nhân Trí Vũ Trinh Hùng Lược Thái Vương. Sai bọn Nguyễn Mậu Tuyên đem sắc chỉ truy tặng Thái tể thái sư Hưng quốc công Nguyễn Kim là Chiêu Huân Phụ Tiết Tĩnh Công.
Tháng 6 [18/7-15/8/1594], người xã Vũ Lăng, huyện Tiên Minh [Tiên Lãng, Hải Phòng] là Vũ Đăng dấy binh chiếm giữ huyện Siêu Loại [huyện Thuận Thành, Bắc Ninh], tụ tập bè đảng, tự xưng là La Bình năm thứ 1. Tiết chế Trịnh Tùng bắt được đem chém. Nguỵ Tín Vương dấy binh chiếm giữ huyện Vũ Nhai [Thái Nguyên], sai Ninh quốc công đem quân chống đánh ở Thái Nguyên. Việt quốc công mặc áo hoàng bào dấy binh chiếm giữ huyện Tam Dương [Vĩnh Phú] cướp bóc dân địa phương. Tiết chế Trịnh Tùng sai phó tướng Bạt quận công Phạm Doãn Sinh đem quân bản bộ trấn giữ huyện Tam Nông [Phú Thọ] để giữ yên vùng Hưng Hoá.
Tháng 8 [14/9-13/10/1594], Hữu tướng Hoàng Đình Ái đem quân đánh phá Lạng Sơn. Nghiêm quốc công ra hàng, vẫn bị giết.
Tháng 9 [14/10-15/11/1594], Uy Vương Mạc Kính Dụng sai bè lũ là bọn Xuân Sơn hầu và Văn quốc công đem quân đánh úp Thái Nguyên. Tướng quy thuận là Liêm quốc công bị chết trận. Tiết chế Trịnh Tùng sai Thái uý Nguyễn Hoàng đem quân đánh phá ở Vũ Nhai, dẹp yên rồi đem quân về.
Bấy giờ, các huyện ở Thái Nguyên vẫn bị bọn Uy Vương Mạc Kính Dụng chiếm giữ, Lạng Sơn vẫn bị bọn Mạc Kính Cung, Mạc Kính Khoan chiếm giữ, những nơi chiếm đóng bị cướp bóc, nhân dân địa phương quá nửa không được về làm ruộng, đồng ruộng bị bỏ hoang.
Tháng giêng năm Quang Hưng thứ 18 [9/2-10/3/1595], (Minh Vạn Lịch năm thứ 23); Vua bị bệnh phong không coi chầu được; bèn xuống chiếu miễn chầu cùng các lễ yết, lễ giao.
Tháng 3 [10/4-8/5/1595], thi Hội các Cử nhân trong nước ở bến Thảo Tân [ga Hàng Cỏ, Hà Nội]. Cho Nguyễn Thực và Nguyễn Viết Tráng đỗ Tiến sĩ xuất thân; bọn Nguyễn Đức Mậu 4 người đỗ Đồng tiến sĩ xuất thân.
Tiết chế Trịnh Tùng cho đóng xe hai bánh, trang sức bằng ngọc ngà, trên xe làm mui sơn, hai bên xe khắc lan can bằng ngà, bốn vách sơn thếp vàng. Lại làm thang nhỏ để lên xe. Trước xe đặt một đòn ngang, sai bốn lực sĩ đẩy. Kiểu xe này do Thái uý Nguyễn Hoàng sáng chế.
Xuân Sơn hầu nhà Mạc sai người bắt trộm một con voi công đem về châu Cảm Hoá [các huyện Ngân Sơn, Na Rì thuộc Bắc Cạn]. Tháng 4 [9/5-7/6/1595], Tiết chế Trịnh Tùng sai chỉ huy sứ, Trung Tín hầu cùng với Tổng binh Thái Nguyên là Đức Trạch hầu Lại Thế Quý đem quân đến châu Cảm Hóa gặp bọn Mạc Kính Dụng và Xuân Sơn hầu. Thế Quý tung quân ra đánh, chém được 600 thủ cấp, lại lấy được 1 con voi đực, 10 con ngựa và quân nhu khí giới.
Ngày 12 tháng 6 [18/7/1595], Xuân Sơn hầu cùng với những người huyện Phổ Yên [Thái Nguyên] là bọn Tấn quận công , Thắng quận công, Quế quận công tập hợp được 500 quân cướp bóc huyện Tam Dương [Vĩnh Phúc]. Khi ấy, quan huyện đem nhiều binh dân, chặn đón đường hiểm yếu, chém được 46 thủ cấp; Tấn, Thắng, Quế, Xuân Sơn hầu chỉ thoát được thân.
Tháng 7 [6/8-3/9/1595], Xuân Sơn hầu tự xưng là Bảo quốc công, đem đồ đảng đánh cướp huyện Phổ Yên [Thái Nguyên]. Tiết chế Trịnh Tùng sai quân đi đánh phá, bắt được 4 con ngựa, 1 quả ấn đồng, đồ đảng chạy tan. Lại sai Lại Thế Quý đem quân đánh phá các xứ Thái Nguyên, Cao Bằng, bắt được tướng giặc là bọn Kỳ Sơn Vương, Phúc Vương, đều giết cả. Ngày 25 [30/8/1595], Xuân Sơn hầu về hàng, đến Kinh sư xin chịu tội, bèn giao về cho tướng tại địa phương, sau bắt giết.
Bấy giờ vào tháng 4 [9/5-7/6/1595], người ở đầu nguồn xứ Thanh Hoa xưng là Thái phó Cương quốc công nổi dậy, chiếm giữ miền trên huyện Quỳnh Lưu, Nghệ An, cướp bóc cư dân. Quan trấn thủ Thanh Hoa là bọn Hà Thọ Lộc, Trịnh Văn Hải điều quân đi đánh phá được, bắt được đồ đảng của giặc, đều giết hết.
Tháng 5 [8/6-6/7/1595], hạ lệnh cho các dinh cơ kê khai các công thần dốc lòng ra sức, định thành ba bậc, tâu công để xét ban thưởng. Lệnh ra hai ba lần, nhưng không thi hành. Bấy giờ nhân dân mất mùa, đói to, lại thêm ôn dịch, người chết xác gối lên nhau.
Tháng 8 [4/9-2/10/1595], hạ lệnh đại điểm duyệt quân lính ở Thảo Tân, số quân được hơn 12 vạn. Đại hạn, từ tháng 8 đến hết năm không mưa, đến tháng 2 năm sau mới mưa, lúa má chết khô, mùa màng mất hết, nhân dân đói to.
Tháng 12, trộm cướp nổi lên khắp nơi, đốt nhà giết người, cướp bóc của cải gia súc.
Ngày mồng 2 tháng giêng năm Quang Hưng thứ 19 [9/2/1596], (Minh Vạn Lịch năm thứ 24); Tráng Vương Mạc Kính Chương dời ra đóng ở Yên Quảng, chiếm giữ xã Hương Lan, châu Vạn Ninh [Quảng Ninh], sai tướng là Lỵ quốc công người Vĩnh Lại, Thái quốc công người Gia Phúc, các con em dòng họ Mạc là bọn Mạc Vĩ, Mạc Lý đem 80 chiếc thuyền chiến lớn nhỏ đánh vào các huyện Tứ Kỳ [Hải Dương], Vĩnh Lại [huyện Vĩnh Bảo, Hải phòng].
Ngày mồng 3 [10/2/1596], quân Mạc đến sông ở các huyện Thanh Lâm [huyện Nam Sách, Hải Dương], Thanh Hà [Hải Dương], đánh nhau với quân của Phan Ngạn từ giờ tý [23 giờ-1 giờ sáng] đến giờ ngọ [11 giờ-13 giờ], kịch chiến trên sông. Bấy giờ Phan Ngạn ngựa chưa kịp đóng yên, quân chưa kịp mặc giáp mà thuyền địch đã đến cửa dinh, quân lính đều luống cuống. Viên tướng người Giao Thuỷ [Nam Định] là Lễ quận công thấy thế giặc mạnh, tự liệu quân ít, sức không chống nổi, tự đem quân của thuyền mình lui trước. Phan Ngạn cho là nhát sợ, chém chết rao cho mọi người biết. Thế là ai nấy đều liều chết cố đánh. Lại được một đội thuyền nhẹ ở Tây Chân [tỉnh Hà Nam] xông đến. Tướng giặc ngờ có quân cứu viện đến, liền tự tan vỡ, bỏ thuyền nhảy xuống sông trốn chạy. Phan Ngạn bèn vẫy các thuyền lớn nhỏ của quân mình, nhất tề xông lên kịch chiến ở giữa dòng, chém tướng giặc là bọn Lỵ quốc công, Thái quốc công, An quận công, Thuỵ quận công và hơn 20 viên tỳ tướng, chém được 2298 thủ cấp giặc, thu được thuyền bè khí giới nhiều không kể xiết, bắt sống được mấy viên tướng địch là bọn Hào quận công. Ngay hôm ấy, giải tướng giặc là Hào quận công đến cửa quân. Phan Ngạn tự mình cởi trói và dỗ rằng:
-“Ngươi muốn sống hay muốn chết. Nếu muốn sống thì ta dùng ngươi làm hướng đạo, bắt được Tráng Vương thì ta tha tội chết cho ngươi.”
Hào quận công bèn xin đưa đường, dẫn quân đi gấp theo đường biển ra Quảng Yên [Quảng Ninh] bắt Tráng Vương để lo báo đáp. Phan Ngạn nghe xong, sai chọn thuyền nhẹ và mấy trăm quân tinh nhuệ, cùng 5 chiếc thuyền chiến, tự mặc áo giáp khắp mình, giấu Hào quận công ở trong thuyền.
Ngày mồng 4 [11/2/1596], Ngạn bàn với các tướng rằng:
-“Việc binh quý ở thần tốc. Ta lấy quân chiến thắng, thừa thế chẻ tre, nếu một trận đánh hai lần thắng, thì đó là trời giúp cho ta thành công lớn, có thể so cùng các danh tướng đời xưa. Ta mong các tướng sĩ nghe lệnh hãy đồng tâm hiệp lực để lập công danh, tiễu trừ giặc nguỵ thì công của bọn ta không gì to bằng.”
Các tướng đều nói:
-“Xin tuân lệnh.”
Hôm ấy, Ngạn chọn các tráng sĩ, giả làm sắc áo và cờ của quân Kính Chương. Ngạn tự làm tiền đội, các thuỷ quân lục tục tiến theo. Đêm hôm ấy, Ngạn tự đi thuyền nhẹ, xông trước vào hai lần cửa. Người giữ cửa hỏi, trả lời rằng:
-“Ta là binh thuyền của Hào quận công, nhân thắng trận, bắt được tướng giặc là bọn Kế quận công giải về trước dâng nộp Vương ta.”
Do đấy, vào được các cửa mà thẳng tiến, 3 ngày đêm thì đến xã Hương Lan, châu Vạn Ninh [Quảng Ninh]. Khi sắp đến gần thuyền Kính Chương, Kính Chương ngỡ là Hào quận công thắng trận trở về liền ra đón. Ngạn thét:
-“Ta là Kế quận công đây, bọn ngươi nên mau mau chịu trói để khỏi bị gươm đao.”
Kính Chương nghe nói, trở tay không kịp, liền bỏ thuyền chạy lên bờ, chạy đến giữa bãi cát thì bị quan quân bắt được, cùng với vợ cả vợ lẽ 20 người, chém 40 tên đồ đảng. Quân Ngạn đã thu được toàn thắng, một lần đánh thắng hai trận liền, quân lính vui mừng, khải hoàn về Kinh giải nộp Mạc Kính Chương ở dưới cửa khuyết. Hôm ấy, Tiết chế Trịnh Tùng ban thưởng chiến công, ban cho Phan Ngạn 1 bài vàng, 10 cân vàng ròng. Lại thưởng cho các tướng sĩ đã chấp hành mệnh lệnh 300 cân bạc, đặt yến tiệc lớn để khao thưởng.
Bấy giờ bề tôi họ Mạc tố cáo với nhà Minh rằng: Quân nhà Lê chính là họ Trịnh tranh cường, dấy binh đánh giết bề tôi thần phục thượng quốc cùng con cháu họ Mạc, thực không phải là quân trung hưng của con cháu nhà Lê. Vì thế, nhà Minh nhiều lần sai sứ qua Trấn Nam Quan, mang điệp văn sang nước ta hẹn đến cửa quan hội khám xem có thực là con cháu nhà Lê hay không.
Ngày 29 [26/2/1596], Vua Lê sai bọn Hộ bộ Thượng thư kiếm Đông các học sĩ Thông quận công Đỗ Uông và Ngự sử đài đô ngự sử Nguyễn Văn Giai làm quan hầu mệnh đến Trấn Nam Quan, trao đổi điệp văn thư từ với viên Tả giang binh tuần đạo Trần Đôn Lâm, lời lẽ phần nhiều khiêm tốn. Sau lại sai Hữu tướng Hoàng Đình Ái đem quân tiếp đến Lạng Sơn làm hậu ứng. Sai anh Vua Lê Ngạnh, Lê Lựu và bọn Công bộ thị lang Phùng Khắc Khoan cùng mang con ấn của An Nam đô thống sứ ty và hai tờ kiểu ấn mực của quốc vương An Nam trước, và 100 cân vàng, 1000 lạng bạc cùng mấy chục kỳ lão lên Trấn Nam Giao để chờ hội khám.
Ngày mồng 1 tháng 2 [28/2/1596], Tả giang binh tuần đạo Trần Đôn Lâm gửi điệp văn đòi vua phải đích thân đến Trấn Nam Quan để hẹn hội khám. Ngày mồng 5 [3/3/1596], vua đích thân đốc suất bọn Hữu tướng Hoàng Đình Ái, Thái uý Nguyễn Hoàng, Nguyễn Hữu Liêu, Thái phó Trịnh Đỗ và các tướng sĩ, binh tướng gồm hơn 1 vạn đến Trấn Nam Giao hẹn ngày hội khám. Bấy giờ nhà Minh dây dưa thoái thác, đòi lấy người vàng, ấn vàng theo lệ cũ, không chịu đến khám, thành ra quá kỳ hạn. Tháng 3 [29/3-26/4/1596] vua trở về Kinh.
Khoảng 3 tháng sau đó, viên Tổng đốc Lưỡng Quảng tâu về triều việc Vua Lê Thế Tông từ Trấn Nam Quan trở về nước, không báo cho quan nhà Minh biết. Viên Tổng đốc cho rằng Vua An Nam bị Trịnh Tùng làm áp lực, không muốn Vua nhận sắc phong, để Trịnh Tùng có thể tự ý làm càn, không còn ai ngăn trở:
“Ngày 13 tháng 6 năm Vạn Lịch thứ 24 [ 8/7/1596]. Trước đó Lê Duy Đàm (3) nước An Nam tự tiện dấy binh đánh và giết sứ Di, cướp đọat ấn tín. Nhưng rồi tự bó tay chịu mệnh, trả đất, nhất nhất nghe lời phân xử. Duy khai rằng ấn vàng nay không còn; cửa quan ải mở, y thường đến nhận chỉ thị; rồi một chiều bỏ đi luôn. Tổng đốc Lưỡng Quảng Thị lang Trần Đại Khoa tâu:
‘Việc tại An Nam tuy văn thư gửi đến đều xưng Lê Duy Đàm nhưng kỳ thực do quyền thần Trịnh Tùng làm chủ; họ Mạc yếu, họ Lê mạnh; nên một số thành phần của Mạc không khỏi nhập vào Lê; nhưng Lê thì tầm thường, mà Trịnh thì giảo quyệt; rồi một ngày nào đó họ Lê sẽ mất vào tay họ Trịnh. Căn cứ lời báo của điệp viên, việc Duy Đàm trở về là do Trịnh Tùng sai kỵ binh đến tìm 4 lần trong đêm; Duy Đàm bèn vượt mưa sấm sét mà đi. Vì Trịnh Tùng sợ khi Đàm được Thiên triều ban cho danh hiệu; thì y không thể phóng túng làm càn thi hành mưu soán đoạt; còn Duy Đàm ngu ngốc kia rơi vào mưu thuật mà không biết vậy!’
Viên quan Từ Thành Sở cho rằng:
‘Miền Giao nam hai họ Lê Mạc tranh loạn đã đến 5 năm, các quan Đốc Phủ Án khám hỏi đến nay cũng đã 3 năm. Hỏi ấn vàng còn hay hủy rồi? Lúc đầu thì bảo thất lạc tại Thanh Hóa; rồi lại bảo theo sự mô tả ấn dùng không đúng. Bàn về việc an sáp họ Mạc; lúc đầu xin theo sự phân xử; sau lại nói không dám nghe mệnh về việc này. Người vàng đã xét nghiệm xong đến tối lại mang về; tờ biểu về việc cống đã hoàn thành, lại tâu khí cụ chưa đầy đủ! Lý do gì mà Lê Duy Đàm đến; lại lý do gì y bỏ đi? Thần nghe nói rằng không biết lợi dụng sự sáng chói của ban ngày là thất thời, rút đao ra mà chần chứ không cắt là thất lợi; sáng và lợi đều do thời mà ra. Trước đây chúng đem việc cống để làm chậm ta, và chính ta cũng đem việc cống tự làm chậm mình. May mắn bọn họ bất quá được như Lê Lợi, Đăng Dung là cùng; nhưng không xem xét việc ta đối xử với Lê Lợi, Đăng Dung quá dễ dàng. Đại đô đốc biết Lợi ưa cậy hiểm, không sợ sệt; thì dùng chính sách hòa hoãn ky my để ràng buộc; họ Lê chí tại dưỡng oai, nhưng rồi cũng phải ầm ờ cung thuận. Vạn nhất lúc bấy giờ triều đình dùng mưu sai, sẽ đi đến tổn uy, nhục nước, làm cho giặc lớn, mối họa kéo dài không phải bắt đầu từ ngày hôm nay.’
Bộ Binh phúc nghị rằng:
‘Gửi văn thư cho Tổng đốc, Phủ, Án Quảng Tây bàn về sự việc, hỏi tại sao Lê Duy Đàm lại bỏ đi trong buổi tối; nếu việc này do Trịnh Tùng chủ trì thì nên xử trí cách nào? Nhận được trình báo lên có ghi rõ thời gian để làm bằng để phúc trình lên xin định đoạt.’
Thiên tử y theo lời bàn.” Minh Thực Lục: Quan hệ Trung Quốc Việt Nam, tập3, trang 243.
Viên Tuần phủ kiêm Án sát tỉnh Quảng Tây tâu xin tiếp tục hội khám và thi hành chính sách ràng buộc:
“Ngày 15 tháng 8 nhuần năm Vạn Lịch thứ 28 [6/10/1596]. Tuần Án Quảng Tây Hoàng Kỷ Hiến tâu:
‘ An Nam tuy phản phúc bất thường, nhưng chung qui thì sự ràng buộc An Nam khác hơn bọn giặc Nụy. Xin cho kéo dài thêm ngày tháng để tiếp tục hỏi khám; nếu không phương hại xin dùng chính sách ky my, cẩn thận để chờ cơ hội. Nếu cần ra uy thì hãy mệnh tướng ra quân, châm chước hoãn gấp để thi thố phương lược.’
Tấu văn được đưa xuống bộ Binh.” Minh Thực Lục: Quan hệ Trung Quốc Việt Nam, tập3, trang 245.
Tháng 4 [27/4-26/5/1596], hạ lệnh cho phủ, huyện, tổng, xã các xứ trong nước, nơi nào phải trải binh lửa, nhân dân xiêu tán, thì cho về làm ăn, tha phu dịch 3 năm. Nhưng quan địa phương phần nhiều nhũng nhiễu, hà khắc bạo ngược, nên dân nhiều người vẫn phải xiêu tán, chưa được an cư lạc nghiệp. Bấy giờ đại hạn, thóc lúa vụ chiêm đều không thu được, đầm ao khô cạn, cây cỏ úa vàng, hoa không kết trái. Trộm cướp quần tụ trong dân gian, đốt phá nhà cửa, cướp đoạt của cải gia súc; thuỷ bộ không thông, đường sá bế tắc, dân đói nhiều, chết đến quá nửa.
Tháng 7 [25/7-23/8/1596], sai làm lại điện Thái miếu ở trong thành Thăng Long. Ngày 17 [10/8/1596], rước thần vị của Thái Tổ Cao Hoàng Đế và liệt thánh hoàng đế vào điện Thái Miếu để cúng tế.
Ngày mồng 1 tháng 8 nhuận [22/9/1596] có nhật thực. Bấy giờ sai thợ đúc 2 tượng người vàng và bạc, đều cao 1 thước 2 tấc, nặng 10 cân, lại đúc 2 đôi bình hoa bạc, 5 chiếc bình hương nhỏ bằng bạc, sắm sẵn lụa thổ quyến và các vật cống để phòng sang cống nhà Minh.
Ngày 25 tháng 11 [12/1/1597], Phạm Hàng, người xã Thi Vụ, huyện Đại Yên [huyện Nghĩa Hưng, Nam Định], tự xưng là Thiên Nam chiêu thảo đô nguyên súy, ngày 27 [14/1/1597] vào chiếm giữ núi Đam Khê, huyện Yên Mô [Ninh Bình], đánh phá các xã gần đấy, đến đâu mọi người đều theo phục, hơn 1 tháng đã được hơn 1 vạn quân. Từ đó các phủ Trường Yên [Ninh Bình], Lý Nhân [Hà Nam], giặc cướp đều nổi dậy, trở ngại nhiều cho việc giao thông. Tiết chế Trịnh Tùng sai Mỹ quận công Bùi Văn Khuê đem quân cùng với viên thổ quan Yên Mô là Lương quận công Nguyễn Thể đi đánh bắt được Phạm Hàng giải về Kinh chém.
Tháng 12 [18/1-15/2/1597], sai bọn Hộ bộ thượng thư kiêm Đông các học sĩ Thông quận công Đỗ Uông làm quan hầu mệnh, cùng với Quảng quận công Trịnh Vĩnh Lộc mang hai người vàng người bạc và các vật cống tới thành Lạng Sơn để đợi nhà Minh hội khám. Bấy giờ viên thổ quan Long Châu của nhà Minh nhận nhiều của đút lót của họ Mạc, vì thế vào bè với họ Mạc mà thoái thác, nên việc không xong; lại vừa gặp tết Nguyên đán, bọn Đỗ Uông, Vĩnh Lộc lại trở về Kinh.
Chú thích:
1.Phủ Tân Hưng: thuộc các huyện Hưng Hà, Đông Hưng tỉnh Thái Bình.
2. Sông Hoàng Giang: khúc sông Hồng ở phía trên Nam Định, khoảng ngã ba Tuần Vường.
3.Lê Duy Ðàm tức vua Lê Thế Tông
