( Tái lập ngoại giao với nhà Minh; Vua Minh ban sắc phong cho Vua Lê Thế Tông, nhưng vẫn cho tàn dư nhà Mạc chiếm giữ đất Cao Bằng. Riêng Tiết chế Trịnh Tùng được phong là Bình An Vương, bắt đầu mở phủ chúa, đặt quan, quyết đoán mọi việc chính sự; Vua Lê Thế Tông chỉ tượng trưng làm vì, sau đó Vua mất, con là Lê Duy Tân lên thay. )
Ngày 19 tháng 2 năm Quang Hưng thứ 20 [5/41597], (Minh Vạn Lịch năm thứ 25); sai bọn quan hầu mệnh Đỗ Uông và Nguyễn Văn Giai lại lên Trấn Nam Quan thăm dò tin tức nhà Minh. Sai tướng Bắc đạo Thuần quận công Trần Đức Huệ cùng với bọn Hội quận công, Hoành quận công đem quân hộ tống. Khi đến thành Lạng Sơn đóng dinh, thì bọn Phúc Vương và Cao quốc công nhà Mạc đem quân đến đánh, giết Hội quận công tại trận. Bọn Thuần quận công và Hoành quận công đem quân chạy thoát; khi trở về Kinh đều bị tước binh quyền. Riêng Đỗ Uông, Nguyễn Văn Giai vào chiếm giữ vách núi, thoát được.
Tháng 3 [16/4-15/5/1597], nhà Minh lại sai viên quan uỷ nhiệm là Vương Kiến Lập tới nước ta đòi lễ cống và giục hội khám. Điệp văn tới Kinh sư, triều đình bàn định khởi hành. Ngày 28 [13/5/1597], vua đích thân đốc suất bọn Hữu tướng Hoàng Đình Ái, Thái uý Nguyễn Hoàng, Nguyễn Hữu Liêu, Thái phó Trịnh Đỗ cùng 7, 8 viên Tả hữu đô đốc và 5 vạn binh, đem theo cả viên quan uỷ nhiệm của nhà Minh Vương Kiến Lập cùng đi đến Trấn Nam Quan.
Ngày mồng 10 tháng 4 [25/5/1597], binh tượng hộ tống Vua đến Trấn Nam Quan; cùng với quan nhà Minh là bọn Tả giang tuần đạo sát phó sứ Trần Đôn Lâm và quan các phủ Tư Minh, Thái Bình, các châu Long Châu, Bằng Tường tỉnh Quảng Tây cử hành hội khám. Trong lễ giao tiếp, hai bên đều vui vẻ chúc mừng; từ đấy hai nước lại thông sứ với nhau.
Sau đó Vua sai Công bộ tả thị lang Phùng Khắc Khoan làm Chánh sứ, Thái thường tự khanh Nguyễn Nhâm Thiêm làm Phó sứ sang cống nhà Minh và cầu phong. Lúc Khắc Khoan đến Yên Kinh, vừa gặp tiết Vạn Thọ của vua Minh, bèn dâng 30 bài thơ lạy mừng. Anh vũ điện đại học sĩ thiếu bảo kiêm thái tử thái bảo Lại bộ thượng thư nhà Minh là Trương Vị đem tập thơ Vạn Thọ ấy dâng lên. Vua Minh cầm bút phê rằng: Người hiền tài ở đâu mà không có. Trẫm xem thơ, thấy hết lòng trung thành của Phùng Khắc Khoan, rất đáng khen ngợi. Liền sai đưa xuống khắc in để ban hành trong nước; nhân dịp Sứ thần Triều Tiên là Hình tào tham phán Lý Toái Quang viết tựa cho tập thơ.
Ngày 20 [4/6/1597], vua về Kinh sư. Xa giá đến xã Yên Thường [huyện Đông Ngàn, Bắc Ninh]; Tiết chế Trịnh Tùng thân hành rước lạy, rồi đi theo ngự giá về cung.
Sử Trung Quốc xác nhận về cuộc hội khám; sau đó nhà Minh phong cho Vua Thế Tông chức An Nam Đô thống sứ, giống như đã phong cho Mạc Đăng Đung trước kia; riêng họ Mạc được an trí tại tỉnh Cao Bằng:
“Ngày 17 tháng 10 năm Vạn Lịch thứ 17 [ 25/11/1597]. Trước đây nước An Nam vốn thuộc họ Trần, bị Lê Quí Ly soán đọat; sau này Mạc Đăng Dung lại lợi dụng họ Lê suy vi bèn chiếm đọat, an trí con cháu nhà Lê vào vùng sông Tất Mã (1) ; họ Mạc được phong làm Đô thống chế. Đến nay vận họ Mạc gặp lúc suy, Lê Duy Đàm [Vua Lê Thế Tông] lấy danh nghĩa là chủ cũ, được dân chúng suy tôn, đuổi con cháu nhà Mạc, lấy lại được đất cũ. Rồi Lê Duy Đàm đội nón đen, khoác áo trắng, đeo dây thao đến phủ phục tiến dâng tượng thay người, cùng với kỳ lão thần bộc chịu tội, xin được thừa tập trông coi cõi Nam hoang dã, phụng thờ lịch Chính Sóc, lo tròn chức cống.
Bộ phúc trình như sau:
‘Việc quốc gia chế ngự An Nam đã có phép tắc sẵn: Khi Lê Lợi dối trá tự lập, đứng anh minh như vua Tuyên Tông há lại không biết đó là ngụy, sao lại chịu bỏ quận huyện đã đặt sẵn để trao quyền? Mạc Đăng Dung dối rằng họ Lê không còn hậu duệ; một người nhạy bén về phán đoán như vua Thế Tông [Minh Gia Tĩnh] há không biết đó là hành động soán đoạt, lại chịu rút quân đồn trú sẵn tại biên giới, để ban cho y chức Đô thống sứ? Chỉ vì coi nơi này là ruộng đá, dầu chiếm được cũng chẳng ích gì, lại không muốn cực nhọc quân lính chốn xa xôi. Phàm bọn ngụy trá soán đọat còn hứa phong tước, huống hồ đây là kẻ thực đã khôi phục! Vậy nên ban cho Duy Đàm danh hiệu, mệnh y thống hạt đất đai, coi sóc nhân dân; an trí họ Mạc tại Cao Bằng để con cháu được tiếp tục thờ phượng. Cách xử trí cầu sự thích hợp.’
Được chiếu chỉ ban như sau:
‘Lê Duy Đàm được ban chức An Nam Đô thống sứ, nay soạn sắc dụ, đúc ấn ban cho để cai trị một phương vĩnh viễn tuân theo Vương hóa.” Minh Thực Lục: Quan hệ Trung Quốc Việt Nam, tập3, trang 245.
Sử Trung Quốc cũng xác nhận sứ bộ Phùng Khắc Khoan đến Bắc Kinh vào tháng 11 và được ban thưởng:
“Ngày 10 tháng 11 năm Vạn lịch thứ 25 [18/12/1597]. Người nước An Nam sai đến là bọn Kỳ mục Phùng Khắc Khoan được ban mũ, dây đai; thưởng cấp như lệ.” Minh Thực Lục: Quan hệ Trung Quốc Việt Nam, tập3, trang 246.
Tháng 4 [16/5-14/6/1597], cha con Dũng quận công Nguyễn Khắc Khoan là thổ quan ở huyện Minh Nghĩa [huyện Ba Vì, Hà Tây] liên kết với đảng giặc, tụ tập bọn gian ác, định làm loạn ở Kinh thành. Ban đêm, chúng thường nổi lửa đốt phá phố phường. Việc phát giác, quan quân bắt được 3 cha con Khắc Khoan và 24 tên đồ đảng ở ngoài cửa Nam thành Thăng Long, tìm được ấn gỗ, cờ chiêng, khí giới và sắc mệnh đem về nộp. Tiết chế Trịnh Tùng sai đem đốt hết, chém chết cha con Khắc Khoan và đồ đảng, lấy đầu đem bêu. Lại có người xã Ngải Cầu, huyện Từ Liêm [Hà Nội] tên là Nguyễn Minh Trí, trước cùng bạn với Nguyễn Khắc Khoan, cha con dấy binh chiếm giữ vùng Minh Nghĩa, nguỵ xưng là Đại Đức năm thứ 3. Thái uý Nguyễn Hữu Liêu bắt được cha con Minh Trí, đều đem chém cả.
Tháng 7 [13/8-10/9/1597], ra lệnh trong cả nước, mọi vật dụng đều phải tùy theo chức phẩm cao hay thấp mà dùng, không được tiếm vượt. Hạ lệnh duyệt các hạng quân dân, đinh tráng người tứ chiếng (2) để xác định quán tịch cũ.
Tháng 8 [11/9-10/10/1597], viên tướng địa phương huyện Đông Ngàn [Bắc Ninh] là Thuần quận công Trần Đức Huệ và con là Trần Đức Trạch tự xưng là Sầm quận công, mưu làm phản, cùng với viên tướng địa phương ở Yên Thế [Thái Nguyên] là cha con Thế quận công Dương Văn Cán đều đem thuộc hạ đang đêm trốn đi theo họ Mạc. Tiết chế Trịnh Tùng sai con là Chưởng Cẩm y vệ Hùng Lương hầu Trịnh Đào đem quân đi đánh, chém được đồ đảng. Bấy giờ dân tứ chiếng khổ vì phải cắt cỏ voi, lại bị quan địa phương quấy nhiễu, không chịu nổi, nhiều người theo đảng giặc cướp bóc trong dân gian. Các tướng địa phương ở Hải Dương là Thuỷ quận công người huyện Thuỷ Đường [huyện Thủy Nguyên, Hải Phòng], Lễ quận công người huyện Nghi Dương [huyện Kiến Thụy, Hải Phòng] đều đem quân làm phản, bắt người cướp của ở các huyện thuộc Hải Dương, đánh úp giết chết tướng tuần thú là Hoa Kiều hầu và quan huyện. Lại có anh em Quỳnh quận công và Thuỵ quận công ở huyện Tân Minh [huyện Tiên Lãng, Hải Phòng], tụ tập đồ đảng, có đến vài nghìn quân đi đến đâu cũng ức hiếp cướp bóc dân chúng, cùng liên kết với bọn Thuỷ quận công, Lễ quận công. Nhân dân các huyện ở Hải Dương sợ chúng tàn ngược, đều phải tuân theo cả.
Ngày 20 tháng 11 [28/12/1597], Tiết chế Trịnh Tùng sai bọn Đô đốc đồng tri Hào quận công Nguyễn Miện, Mỹ quận công Bùi Văn Khuê, Kế quận công Phan Ngạn đem thủy quân gồm 50 chiếc thuyền ra Hải Dương đánh phá đảng giặc. Nguyễn Miện một mình tự kiêu khinh địch, không bàn bạc với các tướng, tự mình đem 4 chiếc binh thuyền bản bộ, khinh suất xông thẳng vào trong trận, đến chỗ giặc mai phục. Khi gặp thuyền giặc, Miện sai bắn súng lớn vào tướng giặc, Lễ quận công bị trúng đạn chết ở trong thuyền. Giặc ở trong thuyền bèn mặc áo của Lễ quận công rồi thúc quân đánh bừa, lại đâm chết Hào quận công Nguyễn Miện tại trận. Quân hai bên đánh giết lẫn nhau, quan quân bị chết cũng đến hơn 80 người. Gặp quân của Bùi Văn Khuê tiếp đến, quân giặc bỏ thuyền lên bờ chạy tan. Văn Khuê lấy được thủ cấp của Nguyễn Miện rồi về. Sau Văn Khuê lại đem quân lùng tìm, lấy được đầu của Lễ quận công đem về Kinh dâng nộp, sai bêu đầu 3 ngày. Tiết chế Trịnh Tùng xét thưởng cho Văn Khuê 10 cân vàng, thăng chức thiếu bảo.
Tháng này, hạ lệnh cho các xứ trong nước mở trường thi hương để chọn kẻ sĩ.
Ngày 16 tháng giêng năm Quang Hưng thứ 21 [21/2/1598], (Minh Vạn Lịch năm thứ 26); ban bố đại xá thiên hạ. Hết thảy bọn trộm cướp, tù trốn đều được ân xá, thuế khoá thiếu lâu năm đều được tha miễn.
Tháng 2 [7/3-5/4/1598], xuống chiếu thăng Công tử Trịnh Tráng làm Bình quận công, sai đốc suất binh mã để phòng giặc cướp.
Tháng 3 [6/4-4/5/1598], đại hạn, gió tây bắc thổi nhiều, lúa má cây cỏ chết khô. Tiết chế Trịnh Tùng sai Hữu tướng Hoàng Đình Ái đem quân đánh dẹp huyện Lục Ngạn [Bắc Giang], bắt được con của Hùng Lễ công Mạc Kính Chỉ là Mạc Kính Luân và 35 con ngựa cùng khí giới. Trịnh Tùng lại sai Thái uý Nguyễn Hoàng đem thuỷ quân đi đánh dẹp xứ Hải Dương đánh phá bè lũ Thủy quận công. Thủy quận công chạy vào huyện Thuỷ Đường [huyện Thủy Nguyên, Hải Phòng] chiếm giữ lũng núi. Thủy quận công sai bọn bè đảng là quận Thụy, quận Quỳnh xâm lược các huyện Thanh Lâm [huyện Nam Sách, Hải Dương], Thanh Hà [Hải Dương], lấy đinh tráng nơi đó, biên chế vào đội ngũ làm lính; dân nhiều người trốn chạy.
Tháng 4 [5/5-3/6/1598], Tiết chế Trịnh Tùng sai Hữu tướng Hoàng Đình Ái thống lĩnh các quân bộ, và bọn Thái bảo Trịnh Ninh ra đánh dẹp huyện Đông Triều [Quảng Ninh] rồi tiến quân đánh miền bắc huyện Thuỷ Đường. Lại sai Thái uý Nguyễn Hoàng thống lĩnh thủy quân, cùng bọn Thiếu bảo Bùi Văn Khuê ra đánh dẹp xứ Hải Dương rồi tiến quân đánh vào phía nam huyện Thuỷ Đường. Cùng sai bọn Chấn quận công, Hải quận công, Kế quận công, Tráng quận công đem các cơ Nội thuỷ đi kinh lược các huyện Thanh Lâm, Thanh Hà, ra huyện Kim Thành [Hải Dương] để chặn phía trên huyện Thuỷ Đường. Hôm ấy, cả ba đạo lên đường một lúc. Nguyễn Hoàng sai tướng sĩ xông trước vào phá lũng núi huyện Thuỷ Đường, quân lính tranh nhau lên trước, bắt được Thủy quận công, đảng giặc tan vỡ. Quân các đạo tiến lên, thu bắt thuyền ghe của giặc. Bọn quận Quỳnh, quận Thuỵ đem con em trốn ra, định chạy về huyện Tiên Minh [huyện Tiên Lãng, Hải Phòng]. Đến nửa đường, gặp quân của Bùi Văn Khuê đánh tới; quân hai bên hỗn chiến trên sông, từ giờ Thìn [7-9 giờ] đến giờ Thân [15-17 giờ], quân giặc sức kém tan vỡ tháo chạy. Văn Khuê thúc quân thừa thắng đuổi đánh, bắt được quận Thuỵ ở trong thuyền, chém hơn trăm thủ cấp, quận Quỳnh bèn đem dư đảng chạy về Yên Quảng [Quảng Ninh].
Ngày 24 [28/5/1598], quan quân về Kinh, đem tù dâng nộp; thưởng công xong, đem bọn Thuỷ quận công và Thuỵ quận công chém ở Cầu Dền [Hà Nội], bêu thủ cấp.
Tháng 4 [5/5-3/6/1598], thi Hội kẻ sĩ trong nước. Cho bọn Nguyễn Thứ, Nguyễn Duy Thì, Lê Bật Tứ đỗ Tiến sĩ xuất thân; bọn Nguyễn Khắc Khoan, Nguyễn Kiệm đỗ Đồng tiến sĩ xuất thân.
Tháng 8 [1/9-29/9/1598], một người con của Hùng Lễ công là Mạc Kính Dụng họp đảng ở huyện An Bác [huyện Sơn Động, Bắc Giang], xưng là Uy Vương. Sau thiếu ăn, bèn mưu dụ giết viên thổ quân là Phú Lương hầu để cướp lấy đất đai. Mạc Kính Dụng tự đem bộ hạ đến bức bách. Phú Lương hầu dùng mẹo đánh lừa, sai vợ con ra đón hàng, xưng rằng:
"Đại vương quyền cao, binh thế lớn, những người theo hầu phục dịch lại gan dạ oai hùng. Chồng thiếp chỉ là một người nhà quê, chưa từng thấy việc binh bao giờ, nghe tin quân của đại vương tới, kinh hoàng sợ hãi, sai thiếp đi thay, xin đại vương đóng quân ở ngoài cõi, quân của triều đình có đến thì chống lại. Rồi sau đại vương tự chọn lấy tay chân thân cận, độ mươi người, theo thiếp vào nhà; thiếp sẽ lập tức dẫn chồng lạy chào rồi dâng nộp đất đai và dân chúng".
Uy Vương nghe nói mừng lắm, lập tức chọn lấy 40 người chân tay và con em thân cận tự vào trong thôn nhà Phú Lương hầu. Phú Lương hầu sai quân canh giữ, đóng kín các cửa ải, rồi từ trong nhà ra đón tiếp, lạy quỳ trước mặt mà nói:
"Thần ở cõi xa xôi hẻo lánh, binh ít, lương đủ. Đại vương đến đây có thể tạm yên thân, nuôi quân, chứa sức, thừa thời đợi lúc, chiêu mộ châu huyện, thu thập quân lính thì có thể phục hưng sự nghiệp trước kia. Nay thần có một chỗ lũng núi, đã xa lại sâu hiểm, Đại vương chỉ nên đem vài người thân cận vào chiếm giữ chỗ núi sâu ấy, thần sai người nhà cung cấp hầu hạ, còn các tướng hiệu tả hữu khác đều hãy tạm ở nhà thôn của thần để thần cấp dưỡng rồi sẽ tính việc sau này.”
Uy Vương nghe xong, tự đem 4, 5 người tay chân vào chiếm giữ chỗ lũng núi. Phú Lương hầu lập tức giết hết 40 bộ hạ của Uy Vương, không cho tiết lộ cho Uy Vương biết. Phú Lương hầu mật sai người chạy báo ngay về Kinh sư, xin quân cứu viện. Bấy giờ, Tiết chế Trịnh Tùng sai bọn Đô đốc Lâm quận công, Quảng quận công, Hoa Dương hầu đem quân đến thôn nhà Phú Lương hầu, quả nhiên bắt được Uy Vương đem về Kinh sư. Sau xét công, thăng thưởng Phú Lương hầu chức Tổng binh và hạ lệnh thắt cổ Mạc Kính Dụng ở chợ Cửa Đông [Hà Nội].
Tháng 9 [30/9-29/10/1598], hạ lệnh cho huyện Quảng Đức [ngoại ô Hà Nội] mở cục làm giấy, làm loại giấy khổ to, kiểu mới nộp quan, không được bán riêng. Bấy giờ, người ta hay dùng giấy làm giả văn thư, nên có việc cấm này để phòng kẻ gian. Lại ra lệnh cho thừa ty các xứ nếu thấy người của quan trên sai xuống có mang văn thư thì phải xét thực là giấy kiểu mới mới được y lệ thừa hành, nếu không phải, thì bắt nộp trị tội.
Ngày 13 tháng 10 [11/11/1598], Tiết chế Trịnh Tùng xin Vua sai Hữu tướng Hoàng Đình Ái thống lĩnh binh tượng cùng bọn Thái bảo Trịnh Đồng, Thiếu bảo Trịnh Bách, Đô đốc Lê Văn Hoan, Chỉ huy sứ Trần Tộ đem hơn 1 vạn quân đi đánh dẹp họ Mạc ở Lạng Sơn. Sai Thái phó Trịnh Đỗ thống lĩnh binh tượng cùng bọn Thạch quận công Vương Trân, Thao quận công Trần Chấn, Tổng binh Thái Nguyên Đức Trạch hầu Lại Thế Quý đem quân đánh dẹp ở Thái Nguyên. Sai bọn Thanh quận công Đặng Kính, Giao quận công Nguyễn Hữu Giai đi đánh dẹp bọn giặc ở các huyện Sơn Dương [phía bắc huyện Đương Đạo], Đương Đạo [Tuyên Quang] . Lại sai Bạt quận công Phạm Doãn Sinh trấn giữ các con đường hiểm yếu ở Lâm Thao [Phú Thọ] .
Ngày mồng 4 tháng 11 [1/12/1598], thổ quan huyện Đương Đạo là Vệ Nghĩa hầu Tống Thì Chiếu đem quân đánh phá bè đảng Mạc chém được Phù Thắng hầu và 15 thủ cấp đồ đảng, bắt được 1 con ngựa và rất nhiều khí giới. Ngày mồng 6 [3/12/1598], Hữu tướng Hoàng Đình Ái đến thành Lạng Sơn, sai đô đốc Lâm quận công Trần Phúc đem hơn 1.000 quân đánh phá giặc ở châu Thoát Lãng [Lạng Sơn]. Bấy giờ, quân của Mạc Kính Cung từ Long Châu [tỉnh Quảng Tây, Trung Quốc] về đến Thất Tuyền [huyện Thất Khê, Lạng Sơn], sai Vạn quốc công chống giữ. Trần Phúc tung quân đánh lớn, chém chết con của Vạn quốc công, bắt được vợ con và đồ đảng, đốt dinh trại, quân giặc tan vỡ. Bọn Phúc thừa thắng đuổi dài, thẳng đến dinh của Kính Cung. Kính Cung sai Phúc Vương đem vợ con lương thực rút trước vào Long Châu. Đến nửa đường, gặp quân mai phục của con trưởng Trần Phúc là Nghĩa Tráng hầu Trần Thiết đón đánh. Phúc Vương và quân lính tranh nhau cướp đường chạy vào Long Châu. Phúc Vương ngoảnh lại bảo Trần Thiết:
-“Có Càn Thống Vương Mạc Kính Cung còn ở đằng sau; nếu ngươi định đuổi bọn ta, Càn Thống Vương đến đây thì e rằng bọn người đều trở thành quỷ dưới suối vàng cả.”
Trần Thiết nghe thế, không dám đuổi nữa, sai thuộc hạ thu nhặt tiền của rồi về. Kính Cung thấy quân Trần Phúc tiến đánh, liền sai tướng là bọn Bàn quận công, Thắng quận công đem quân chặn hậu, chống nhau với quân Trần Phúc. Kính Cung tự đem quân ngầm lui về phía sau. Trần Phúc tung quân ra đánh, chém được Thắng, Bàn tại trận, bọn còn lại tan vỡ tháo chạy. Kính Cung bèn đem mấy nghìn tướng sĩ chạy vào Long Châu, lại gặp quân mai phục của Trần Thiết đón đánh ở đường hiểm. Kính Cung tự đốc suất đại quân xông vào đánh. Bấy giờ, Trần Thiết quân ít, không địch nổi, bèn vứt bỏ những của cải đã lấy được, rút lui chạy thẳng về Cao Bằng. Quân Kính Cung vội vã vượt sông rút đi. Sau quân Trần Phúc tiến đến, bắt được con trai thứ hai của Kính Cung mới 12 tuổi. Khi ấy, quân của Kính Cung đã đi xa, Trần Phúc sai thu quân về Lạng Sơn, rồi trở về Kinh, đem con trai của Kính Cung dâng nộp. Ngày mồng 3 tháng 12 [30/12/1598], hạ lệnh thắt cổ giết con thứ hai của Mạc Kính Cung ở bên hữu Cửa Đông [Hà Nội].
Ngày mồng 6 [2/1/1599], Tiết chế Trịnh Tùng sai quan hầu mệnh là bọn Đỗ Uông chuẩn bị nghi chú, lễ vật đến cửa Trấn Nam Giao đón tiếp sứ nhà Minh. Trước đây, sứ thần là bọn Phùng Khắc Khoan mang vật cống cùng người vàng thay thân mình, trầm hương, ngà voi đến Yên Kinh, dâng biểu xin theo lệ cống. Vua Minh xem biểu rất mừng, lại xuống chiếu phong Vua làm An Nam Đô thống sứ ty đô thống sứ, quản hạt đất đai nhân dân nước Nam, và ban cho một quả ấn An Nam đô thống sứ ty bằng bạc, sai bọn Phùng Khắc Khoan mang sắc thư về nước. Khắc Khoan bèn dâng biểu rằng:
“Chủ của thần, họ Lê là dòng dõi của An Nam quốc vương, giận nghịch thần họ Mạc tiếm ngôi, cướp nước, không chịu được mối thù ngàn năm, mới nằm gai nếm mật, lo thu phục lại cơ nghiệp của tổ tông để nối theo dấu cũ của tông tổ. Họ Mạc kia vốn là bề tôi của họ Lê nước An Nam, giết vua, cướp nước, thực là tội nhân của thượng quốc, mà lại ngầm xin chức Đô thống. Nay chủ của thần không có tội như họ Mạc, mà lại phải nhận chức như họ Mạc là nghĩa thế nào, xin bệ hạ xét cho"
Vua Minh cười nói:
"Chủ của người tuy không ví như họ Mạc, nhưng vì mới lấy lại được nước, sợ lòng người chưa yên, hãy cứ nhận đi, sau sẽ gia phong tước vương cũng chưa muộn gì. Ngươi hãy kính theo, chớ có từ chối".
Khoan liền bái nhận ra về. Trước đây, Khắc Khoan qua cửa Nam Quan đi cống vào tháng 4 năm Vạn Lịch thừ 25 [16/4-14/6/1597], đến tháng 10 [9/11-8/12/1597] tới Yên Kinh bái yết Vua Minh, ngày mồng 6 tháng 12 [12/1/1598] từ biệt về nước. Ngày 15 tháng 12 năm nay [11/1/1599], Khắc Khoan về đến Trấn Nam Quan; cùng lúc quan Tả Giang nhà Minh sai viên quan uỷ nhiệm Vương Kiến Lập đem công văn đến Kinh sư. Tiết chế Trịnh Tùng sai Hữu tướng Hoàng Đình Ái và Thái bảo Trịnh Ninh sửa soạn nghi vệ đón tiếp sứ Minh Vương Kiến Lập và bọn Khắc Khoan. Ngày 25 [21/1/1599], Vua qua sông sang bến Bồ Đề [Bắc Ninh] bái lạy chiếu thư, đón sứ Minh về nội điện. Tiết chế Trịnh Tùng cùng với các đại thần văn võ vào nội điện triều yết. Khi tuyên đọc sắc thư xong, thấy quả ấn ban cho nói là bằng bạc mà lại là đồng, bèn cùng với văn võ đại thần bàn gửi thư phúc đáp trách cứ nhà Minh, do viên quan uỷ nhiệm của nhà Minh là Vương Kiến Lập mang về nước đệ tâu vua Minh. Bấy giờ Thổ quan nhà Minh nhận hối lộ của Mạc Kính Cung, lại đệ tâu vua Minh cho Kính Cung được giữ đất Thái Nguyên và Cao Bằng.
Tháng 2 năm Quang Hưng thứ 22 [25/2-25/3/1599], (Minh Vạn Lịch năm thứ 27); viên giám sinh người Chi Nê, huyện Chương Đức [huyện Chương Mỹ, Hà Tây] là Nguyễn Thì Thầm, nguỵ xưng là Thượng thư Lễ quốc công; người làng Man Nhuế, huyện Thanh Lâm [huyện Nam Sách, Hải Dương] xưng là Thiếu bảo An quốc công; người Phúc Lộc xưng là Trung quận công; họp quân ở vùng Yên Lãng [Phú Thọ]. Bình quận công Trịnh Tráng sai người đi bắt giải về Kinh sư, sai đem chém.
Tháng 3 [26/3-24/4/1599], quan Tả Giang (3) nhà Minh Trần Đôn Hựu lại sai Vương Kiến Lập mang ngựa tốt, đai ngọc, mũ xung thiên sang cho Tiết chế Trịnh Tùng, xin kết tình láng giềng và gửi hai tấm thiếp, trong viết 8 chữ "Quang hưng tiền liệt, định quốc nguyên huân" [Quang phục công nghiệp xưa, công đầu định nước]. Tiết chế Trịnh Tùng đãi rất hậu, sai người hộ tống về nước.
Ngày mồng 7 tháng 4 [1/5/1599], tấn phong Tả tướng Thái uý Trường quốc công Trịnh Tùng làm Đô nguyên suý tổng quốc chính thượng phụ Bình An Vương. Sai bọn Tư thiên giám Lê Văn Huệ chọn ngày làm lễ sách phong. Kể từ đó Bình An Vương Trịnh Tùng mở phủ chúa, đặt quan, chính sự đều do Trịnh Tùng quyết đoán; của cải, thuế khóa, quân lính và nhân dân đều thuộc về phủ chúa. Về phía Vua Lê chỉ để 1000 xã làm bổng lộc, quân lính túc vệ và hộ vệ trong nội điện có 5000 lính, 7 thớt voi, và 20 chiếc thuyền rồng.
Tháng 7 [21/8/18/9/1599] Vũ Đức Cung, cháu Gia quốc công Vũ Văn Mật, ở Đại Đồng [Tuyên Quang] làm phản, xưng là Long Bình Vương; sai thủ hạ là bọn Nhuệ quận công đem quân của châu Đại Man [huyện Chiêm Hóa, Tuyên Quang] đánh các động núi ở châu Bạch Thông, đất Thái Nguyên, thu thuế mỏ bạc. Bình An Vương Trịnh Tùng bèn sai bọn Hải quận công, Quảng quận công, Phụng quận công, do Vệ Nghĩa hầu Tống Thì Chiếu dẫn đường, đem quân tiến đánh; dẹp được.
Ngày 24 tháng 8 [12/10/1599], Vua mất. Bấy giờ, Bình An Vương cùng với triều thần bàn rằng Thái tử không thông minh mẫn tiệp, bèn lập con thứ là Duy Tân. Nhưng có lẽ còn một lý do khác; Lê Duy Tân lấy con gái Bình an vương Trịnh Tùng, nên được tín nhiệm hơn.
Chú thích:
1.Sông Tất Mã: chỉ sông Mã tại Thanh Hóa.
2.Tứ chính hay tứ chiếng tức dân 4 trấn: Sơn Nam, Kinh Bắc, Hải Dương, Sơn Tây; bấy giờ trú ngụ ở kinh thành Thăng Long.
3.Tả Giang: vùng đất thuộc phía nam Quảng Tây, giáp Việt Nam.
