(Dưới thời Vua Lê Hy Tông, mấy lần sai sứ thần sang nhà Thanh đòi trả lại một số đất tại 3 châu Bảo Lạc, Vị Xuyên, Thủy Vĩ thuộc Hưng Hóa bị phủ Khai Hóa chiếm; nhưng nhà Thanh vẫn không chịu trả.
Tại miền Nam, vào tháng giêng năm Quí Dậu [5/2-6/3/1693], bọn Thống binh Nguyễn Hữu Kính đánh bại Chiêm Thành, Chúa sai đổi nước ấy làm trấn Thuận Thành.
Tháng 4 năm Mậu Dần [10/5-7/6/1698], Thống suất Nguyễn Hữu Kính kinh lược đất Chân Lạp; chia đất Đông Phố, lấy xứ Đồng Nai làm huyện Phước Long, dựng dinh Trấn Biên (tức Biên Hòa); lấy xứ Sài Gòn làm huyện Tân Bình, dựng dinh Phiên Trấn (tức Gia Định.
Nặc Thu nước Chân Lạp làm phản. Nguyễn Hữu Kính đem quân các đạo tiến đánh; tháng 4 năm Canh Thìn [19/5-16/6/1700], Nặc Thu đến cửa quân đầu hàng, xin nộp cống.
Năm Nhâm Ngọ [1702], giặc biển người An Liệt [English, tức người Anh] có 8 chiếc thuyền đến ở đảo Côn Lôn. Năm sau Trấn thủ Trấn Biên Trương Phước Phan dùng mưu dẹp được, chiếm lại đảo.)
Tháng 4 năm Canh Ngọ Chính Hòa thứ 11 [9/5-6/6/1690], (Thanh, năm Khang Hy thứ 29); giặc biển Yên Quảng [tỉnh Quảng Ninh] là Phương Vân Long và Tân Ân Sủng chiếm cứ vùng biển Vạn Ninh, tụ tập nhiều người đi cướp bóc. Trấn tướng Long Môn [châu Liêm, Quảng Đông] nhà Thanh là Diệp Thắng đưa thư sang nước ta hẹn cùng hội quân tiễu trừ. Triều đình sai Lê Huyến đem quân đến hội, bắt được Ân Sủng và đồ đảng hơn 200 người giải giao cho Diệp Thắng ở Long Môn. Sau khi Lê Huyến đã đem quân về, Diệp Thắng mượn tiếng là chia nhau đi bắt đảng giặc còn sót lại, rồi đem quân vào Tiên Yên [Quảng Ninh] và Hoành Bồ [Quảng Ninh] sách nhiễu cung đốn, nhân dân không sao chịu được sự khổ sở. Triều đình bèn làm văn thư nghiêm trách, đưa cho viên Tổng đốc Quảng Đông, Diệp Thắng bị tội xử chém.
Thanh Thực Lục chép về việc bắt giặc Phương Văn Long, nhưng không đề cập đến việc Diệp Thắng bị xử tội chém:
“Ngày 21 Mậu Thân tháng 9 năm Khang Hy thứ 29 [22/10/1690]. Tổng đốc Lưỡng Quảng Thạch Lâm tâu báo:
‘Bọn giặc biển Phương Vân Long tụ tập gian đảng tại các đảo thuộc Tân An [huyện Tiền Hải, Nam Định], Nhạc Sơn, nước An Nam, để cướp phá ngoài biển, ngụy xưng là Tướng quân. Phó tướng Long Môn là Hiệp Thắng mang quân tiễu trừ, đều bắt được; cần ra lệnh viên Tổng đốc thẩm định tội trạng rồi tâu đầy đủ.’
Ðược chiếu chỉ ban:
‘Những tên bắt được đều thuộc loại am tường sông nước, hãy miễn tội chết, giải tống cùng vợ con đến kinh đô, phát vãng đến Hắc Long Giang , làm công việc sai phái thủy thủ.” (Thanh Thực Lục, Thái Tổ Thực Lục quyển 148, trang 20; tập 5, trang 641).
Cũng trong tháng 4, sai Chánh sứ Nguyễn Danh Nho, Nguyễn Quý Đức, Phó sứ Nguyễn Tiến Sách, Trần Thọ sang nhà Thanh nộp lễ cống. Nhân tiện tâu 2 việc: Dư đảng họ Mạc lẫn lút ở Vân Nam, họp bè đảng cướp bọc đất biên giới thuộc Tuyên Quang, Hưng Hóa và Cao Bằng. Thổ ty ở Khai Hóa và Mông Tự xâm chiếm những thôn động ở các châu Bảo Lạc, Vị Xuyên, Thủy Vĩ và Quỳnh Nhai, xin tra xét rõ ràng cho. Nhưng triều đình nhà Thanh im tiếng, không trả lời những việc nêu trên.
Thanh Thực Lục cho biết sứ bộ Nguyễn Danh Nho đến Bắc Kinh vào tháng 9 năm sau; được ban yến, rồi cùng với sứ bộ nước Lưu Cầu yết kiến Vua Khang Hy:
“Ngày 5 Bính Thìn tháng 9 năm Khang Hy thứ 30 [25/10/1691]. Quốc vương An Nam Lê Duy Chính sai bọn Bồi thần Nguyễn Danh Nho dâng biểu cùng cống sản vật địa phương. Ban yến và cho đồ vật như lệ.” (Thanh Thực Lục, Thánh Tổ Thực Lục quyển 153, trang 2)
“Ngày 15 Bính Dần tháng 9 năm Khang Hy thứ 30 [4/11/1691]
Thiên tử ngự tại cửa điện Thái Hòa thị triều, các quan văn võ lần lượt lên tạ ơn; thứ đến Sứ thần nước An Nam, Lưu Cầu, hành lễ.” (Thanh Thực Lục, Thánh Tổ Thực Lục quyển 153, trang 3; tập 5, trang 688)
Tại miền Nam, vào tháng 3 [9/4-8/5/1690] Nguyễn Hữu Hào tiến quân đóng ở Bích Đôi [Cam Pu Chia], chia bày dinh lũy, thủy bộ liên tiếp để làm thế nương dựa nhau, quân lệnh nghiêm chỉnh.
Tháng 5 [7/6-5/7/1690], chúa Nguyễn sai sứ đến dụ Nguyễn Hữu Hào rằng:
“Nặc Thu nước Chân Lạp nếu muốn chuộc tội thì phải hiến 50 con voi đực, 500 lạng vàng, 2.000 lạng bạc, 50 tòa tê giác, đủ lễ vật đến tạ thì mới rút quân về. Nếu không thì phải tiến đánh gấp”.
Hữu Hào sai người đến bảo cho Nặc Thu. Nặc Thu lại sai Dao Luật đem dê vàng lụa đến hiến. Hữu Hào thấy thế cười rằng :
“Nay mày lại muốn đến làm thuyết khách nữa ư ? Ta không phải như Vạn Long đâu ? Về nói cho Nặc Thu phải sớm cống hiến, không thì đại quân kéo đến, thành quách của chúng mày sẽ tan nát hết”.
Dao Luật nói :
“Nước nhỏ thờ nước lớn cũng như con thờ cha, đâu dám có lòng gì khác. Bữa nọ nước tôi đương sửa soạn lễ cống thì chợt thiên sứ đến nên chưa sắm đủ thôi. Xin tướng quân rộng cho một tuần nữa, đâu dám trái lệnh”.
Nặc Thu liền sai sứ là ốc Nha A Lặc Thi đem 20 thớt voi nhỏ, 100 lạng vàng, 500 lạng bạc, đến hiến. Tuy số lượng không đủ, nhưng Hữu Hào vẫn thu nhận; rồi sau đó sai rút quân về. Hòa Tín và Thắng Sơn ngầm đem việc báo lên. Chúa cả giận nói:
“Hữu Hào cũng tội như Vạn Long, hãy đợi đem quân về sẽ hỏi tội.”
Tháng 8 [3/9-1/10/1690], quân về tới nơi. Bọn Hòa Tín kể hết sự trạng Nguyễn Hữu Hào lần chần làm hỏng việc quân. Chúa sai tước bỏ quan chức của Hữu Hào, truất làm thứ dân. Đến năm sau [1691], được Chúa sau, Nguyễn Phúc Chu, khôi phục cho làm Cai cơ.
Tháng 8 năm Tân Vị Chính Hòa thứ thứ 12 [22/9-20/10/1691], (Thanh, năm Khang Hy thứ 30); triều đình hạ lệnh cho Trấn thủ Tuyên Hưng chiêu tập dân phiêu tán. Vì cớ hai châu Văn Bàn [Lào Cai] và Thủy Vĩ [Lào Cai] trước đó bị Vũ Công Tuấn chiếm.
Tại miền Nam, vào tháng giêng, Chúa Nguyễn Phúc Trăn bệnh nặng, triệu Thế tử Nguyễn Phúc Chu đến bảo rằng :
“Ta vâng theo rường mối trước, vẫn mong sao nối theo được chí, làm theo được việc. Con nay kế nghiệp, nên noi công đức của tổ tông, cầu hiền đãi sĩ, yêu dân thương quân, đừng tin lời nói gièm pha, đừng bỏ những người ngay thẳng, để xây dựng nghiệp lớn, đó là điều đại hiếu”.
Thế tử lạy khóc vâng mệnh; hôm ấy chúa băng. Chúa tại vị 4 năm, thọ 43 tuổi; táng ở núi Kim Ngọc [xã Định Môn, huyện Hương Trà, Thừa Thiên]. Chúa mới Nguyễn Phúc Chu giữ chính quyền lúc 17 tuổi, chiêu hiền đãi sĩ, cầu lời nói hay, nạp lời can gián, bỏ xa hoa, bớt chi phí, nhẹ thuế mà giao dịch, bớt việc hình ngục, dân chúng ai cũng vui mừng.
Tháng 3 năm Nhâm Thân Chính Hòa thứ 13 [16/4-15/5/1692], (Thanh, năm Khang Hy thứ 31); Đốc trấn Cao Bằng Ngô Sách Tuân, bắt được đảng giặc là bọn Mạc Kính Chư, giải về kinh. Lúc ấy dư đảng họ Mạc chạy sang Long Châu, ngầm cấu kết với Thổ ty nhà Thanh lăm le dòm ngó biên giới. Sách Tuân sai Thổ ty Cao Bằng là Bế Công Quỳnh giao kết thân mật với Thổ quan Long Châu, bắt được Mạc Kính Chư, Đô đốc của giặc là Đinh Công Đĩnh cùng đồ đảng, đưa về kinh sư giết. Triều đình bàn định công; Sách Tuân được thăng Hữu thị lang bộ Công, Bế Công Quỳnh được thăng tước Quận công.
Tại miền Nam, vào tháng 4 [16/5-14/6/1692] lấy Chưởng cơ Nguyễn Hữu Oai làm Trấn thủ dinh Bình Khang [Khánh Hòa, Ninh Thuận].
Tháng 8 [11/9-9/10/1692], vua nước Chiêm Thành là Bà Tranh làm phản, họp quân đắp lũy, cướp giết cư dân ở phủ Diên Ninh [Khánh Hòa]. Dinh Bình Khang đem việc báo lên. Chúa sai Cai cơ Nguyễn Hữu Kính [con Nguyễn Hữu Dật] làm Thống binh, lấy văn chức Nguyễn Đình Quang làm Tham mưu; suất lãnh quân Chính dinh, cùng quân Quảng Nam và Bình Khang đi đánh.
Tháng 6 năm Quí Dậu Chính Hòa thứ 14 [3/7-1/8/1693]. (Thanh, năm Khang Hy thứ 32); thi khảo các quan văn về từ lệnh. Có 4 Tiến sĩ trúng cách về môn thi này là Nguyễn Công Đổng, Vũ Thạnh, Hà Tông Mục và Nguyễn Hành.
Tháng 12 [27/12/1693-24/1/1694], định phép xét công trạng các lại điển làm việc tại các nha môn trong kinh, ngoài trấn. Xét công trạng chia làm 4 hạng: 1. hạng liêm khiết, tài năng, 2. hạng lười biếng, 3. hạng bình thường, 4. hạng tham lam giảo quyệt. Cứ 3 năm một lần khảo xét, để định việc truất bãi hoặc thăng thưởng. Phép khảo công trạng này được qui định làm thể lệ lâu dài.
Tại miền Nam, vào tháng giêng [5/2-6/3/1693], bọn Thống binh Nguyễn Hữu Kính đánh bại Chiêm Thành, Bà Tranh bỏ thành chạy.
Tháng 3 [6/4-4/5/1693], Nguyễn Hữu Kính bắt được Bà Tranh và bầy tôi là Tả trà viên Kế Bà Tử với thân thuộc là Nàng Mi Bà Ân đem về. Chúa sai đổi nước ấy làm trấn Thuận Thành [Bình Thuận].
Tháng 7 [2/8-30/8/1693], Nguyễn Hữu Kính đến cửa khuyết dâng tù binh chiến tranh là bọn Bà Tranh. Chúa sai kể tội và giam ở núi Ngọc Trản, hàng tháng cấp cho tiền gạo vải lụa đủ dùng.
Sai Cai đội Nguyễn Trí Thắng giữ Phố Hài, Cai cơ Nguyễn Tân Lễ giữ Phan Rí, Cai đội Chu Kiêm Thắng giữ Phan Rang [Phố Hài, Phan Rí, Phan Rang, nay đều thuộc Bình Thuận, Ninh Thuận] để phòng dư đảng ChiêmThành.
Tháng 8 [31/8-29/9/1693], đổi trấn Thuận Thành làm phủ Bình Thuận, lấy Tả trà viên Kế Bà Tử làm Khám lý, ba người con Bà Ân làm Đề đốc, Đề lãnh và Cai phủ; bắt mặc quần áo theo lối người Đại Việt, và sai về để vỗ yên lòng dân.
Tháng 12 [27/12/1693-24/1/1694], người Thanh là A Ban cùng với Hữu trà viên là Óc Nha Thát ở Thuận Thành nổi loạn. Trước là A Ban đến ở Thuận Thành, vốn cùng Óc Nha Thát đi lại rất thân. Từ lúc Bà Tranh bị bắt, hai người đều chạy về đất Đại Đồng, A Ban đổi tên là Ngô Lãng tự xưng mình có phép hô phong hoán vũ, gươm đao không thể làm bị thương. Người Thuận Thành là Chế Vinh kêu họp dân man đi theo. Đến bấy giờ đem đồ đảng cướp Phố Hài. Cai đội Nguyễn Trí Thắng đem quân chống đánh. A Ban giả đò thua, Trí Thắng đuổi theo bị phục binh giết chết. Cai đội dinh Bà Rịa tên là Dực và thư ký là Mai đem quân đến cứu viện, đều chết cả. A Ban bèn vào Phan Rí [huyện Bắc Bình, Bình Thuận], lo rằng cai cơ Nguyễn Tân Lễ sức mạnh, mình không chống nổi, bèn sai con gái người dân Thuận Thành bỏ thuốc độc vào quả chuối cho Tân Lễ ăn; Tân Lễ bị câm. A Ban lại tung nhiều tiền bạc để ngầm kết với quân Tân Lễ làm nội ứng. Đến khi đánh, Tân Lễ bị bọn phản binh đâm chết, dinh trại của cải bị đốt và cướp gần hết. A Ban lại kéo quân đến Phan Rang [Ninh Thuận]. Cai đội Chu Kiêm Thắng vì quân ít không ra, đóng cửa thành tự thủ. Gặp Khám lý Kế Bà Tử vừa đến, Kiêm Thắng bắt trói ở ngoài cửa thành bảo sẽ đem chém. Óc Nha Thát sợ Kế Bà Tử bị giết, nói với A Ban bỏ vây đi; Kiêm Thắng bèn thả Kế Bà Tử.
Tháng 5 năm Giáp Tuất Chính Hòa thứ 15 (24/5-21/6/1694), (Thanh, năm Khang Hy thứ 33); bắt giết 52 người dân hung ác xã Đa Giá thượng [huyện Gia Viễn, Ninh Bình]. Xã Đa Giá thượng, đường núi hiểm trở hẹp hòi, lại nhiều hang hóc. Dân xã ấy âm mưu đặt điếm canh, hễ có người đi lại hoặc ngũ trọ, chúng nhân ban đêm đón đường giết chết, vứt xác vào trong hố mà cướp lấy của cải. Việc này đã trải hơn 20 năm, xương trắng chứa chất thành đống. Đến nay việc phát giác, triều đình sai Thạc quận công Lê Hải đi khám xét, bắt được đồ đảng 290 người, đem chém và bêu đầu 52 người hung ác đầu sỏ, còn những người khác đều đem chặt ngón tay rồi đày đi xa, xóa bỏ tên xã này.
Tại miền Nam, vào tháng giêng [25/1-23/2/1694] Vua Chiêm Thành Bà Tranh chết; cho 200, quan tiền và gấm vóc để hậu táng.
A Ban lại vây Phan Rang [Ninh Thuận]. Cai đội Chu Kiêm Thắng báo tin gấp về dinh Bình Khang. Trấn thủ Nguyễn Hữu Oai và Lưu thủ Nhuận tiến binh theo thượng đạo để cứu viện. A Ban bèn lui về Bào Lạc. Phan Rang được giải vây. Rồi Hữu Oai bị bệnh chết.
Tháng 2 [24/2-25/3/1694], A Ban tiến giữ lũy Ô Liêm. Lưu thủ Nhuận và các cai cơ Tống Tuân và Nguyễn Thành chia quân giáp đánh. A Ban chạy về Phố Châm. Quân ta đuổi theo sát. Giặc lại chạy về Thượng Dã [tiếp địa giới Chân Lạp]. Nhuận bèn về, đem việc báo lên. Chúa lại ra lệnh cho Cai cơ Nguyễn Hữu Kính, và văn chức Trinh Tường tiện nghi xử trí. Cai cơ Nguyễn Thắng Hổ đem quân tiến đánh, đảng giặc dẹp yên.
Thăng Nguyễn Hữu Kính làm Chưởng cơ, lãnh Trấn thủ dinh Bình Khang.
Sai quan duyệt tuyển lớn. Thi nhiêu học, lấy được 133 người trúng cách về Chính đồ, 92 người trúng cách về Hoa văn.
Tháng 8 [19/9-18/10/1694], lại cho phủ Bình Thuận trở lại làm trấn Thuận Thành. Do bấy giờ Khám lý Kế Bà Tử trình bày rằng : Từ khi vị hiệu đời trước cải đổi đến giờ, xảy ra nạn đói kém luôn, nhân dân chết về tật dịch rất nhiều. Chúa thương tình, bèn cho trở lại gọi là Thuận Thành trấn, vẫn cho Kế Bà Tử làm Tả đô đốc để thống trị.
Tháng 11[17/12/1694-14/1/1695], phong Kế Bà Tử làm phiên vương trấn Thuận Thành, cho vỗ về chiêu tập quân dân, hằng năm nộp cống. Lệ cống gồm : voi đực 2 thớt, bò vàng 20 con, ngà voi 6 cái, sừng tê 10 tòa, khăn vải trắng 500 bức, sáp ong 50 cân, da cá 200 tấm [Da cá nhám để nấu làm đồ ăn], cát sủi (1) 400 thúng, chiếu tre trắng 500 lá, gỗ mun 200 cây, thuyền dài 1 chiếc. Phàm những ấn, gươm, yên, ngựa và những người trước đây bị bắt đều trả về hết.
Tháng giêng năm Ất Hợi Chính Hòa thứ 16 (13/2-14/3/1695), (Thanh, năm Khang Hy thứ 34); Thanh Hóa có thủy tai, nước ngập, dân bị đói, triều đình cho trích một vạn quan tiền ở kho An Trường [huyện Thụy Nguyên, phủ Thiệu Hóa] phát chẩn cho dân. Để cứu vớt dân, triều đình lại hạ lệnh cho các quan châm chước, bàn định chính sách cứu đói, giảm nhẹ thuế hộ, hoãn việc xây dựng sửa chữa.
Vào tháng 3 [13/4-12/5/1695], tại miền Nam nhà Nguyễn cho mở khoa thi lấy 5 người trúng cách về Chính đồ làm Giám sinh, 8 người làm Sinh đồ, 15 người làm Nhiêu học, 22 người trúng cách về Hoa văn, 10 người trúng cách về Thám phỏng. Giám sinh bổ văn chức và Tri huyện, sinh đồ bổ Huấn đạo, Nhiêu học bổ Lễ sinh, Hoa văn bổ vào Tướng thần lại ty và Lệnh sử ty, Thám phỏng bổ vào Xá sai ty.
Tháng 9 [8/10-6/11/1695], có người lái buôn ở Quảng Ngãi tên là Linh tụ đảng hơn 100 người, tự xưng là Linh Vương, tạo chiến thuyền, đúc binh khí; cùng người ở Quy Ninh [Qui Nhơn] là Quảng Phú họp đảng, ra vào núi rừng, hoành hành cướp bóc, quan địa phương không dẹp được. Chúa sai dinh Quảng Nam hợp với hai phủ Quảng Ngãi, Quy Ninh đem quân đi đánh. Khi các đạo quân xông tới sơn trại thì Linh đã chết; Quảng Phú cả sợ, trốn vào Phú Yên, dân thiểu số bắt đem nộp. Chúa sai giết cùng với đồ đảng 20 người, và hậu thưởng dân thiểu số.
Tháng 7 năm Bính Tý Chính Hòa thứ 17 [29/7-26/8/1696], (Thanh, năm Khang Hy thứ 35); lại hạ lệnh nghiêm cấm đạo Thiên Chúa. Đầu năm Cảnh Trị [Lê Huyền Tông 1663-1671], đã nhiều lần ra lệnh cấm đạo, nhưng không sao cấm hẳn được. Đến nay, hạ lệnh dò la xét hỏi một cách nghiêm ngặt để trị tội; nhà thờ đạo, kinh sách đạo, thảy đều phá hủy.
Nghiêm sức cho người Trung Quốc sang trú ngụ, nhất luật phải tuân theo phong tục nước ta. Từ khi người nhà Thanh vào làm Vua Trung Quốc, gióc tóc, mặc áo vắn, giữ y nguyên tập tục Mãn Châu, lễ giáo phong tục về áo mũ đời Tống, đời Minh bị bỏ hết. Lái buôn phương Bắc đi lại nước ta lâu ngày, trong nước cũng có người bắt chước. Triều đình bèn nghiêm sức: Các người phương bắc, người nào đã biên tên vào sổ sách nước ta, thì từ ngôn ngữ đến đồ mặc nhất luật phải theo phong tục nước ta. Các lái buôn phương bắc đến trú ngụ nước ta, nếu không có người quen biết hướng dẫn, không được tự tiện vào kinh thành. Nhân dân ở biên giới không được bắt chước tiếng nói và theo tập tục ăn mặc của người phương Bắc. Người nào trái sắc lệnh trên sẽ bị trị tội.
Tháng 9 [26/9-25/10/1696], lập Triều Phúc làm vua nước Ai Lao. Triều Phúc, con cháu Vua nước Ai Lao, cha gặp hoạn nạn, trốn vào động Sơn Vị mấy năm; nay mất, người trong nước dò hỏi, biết được chỗ ở của Triều Phúc, họ bèn cùng bọn thổ tù Cầm Đang xin với triều đình rước Triều Phúc về lập làm Vua. Đặng Tiến Thự Trấn thủ Nghệ An, đem việc này tâu trình. Triều đình bèn hạ lệnh cho Tiến Thự đem quân hộ vệ đưa Triều Phúc về thành Mang Chan [Trấn Ninh] lập làm vua, bắt đời đời cống nạp theo với chức phận đã định.
Tháng 12 [24/12/1696-22/1/1697], Ngô Sách Tuân có tội, bị giết. Bấy giờ Sách Tuân được giữ chức giám thí [Phó chủ khảo trường thi Thanh Hóa]. Trước khi đi, Sách Tuân đến yết kiến tham tụng [Tể tướng] Lê Hy, Lê Hy đem hình dáng giấy đóng quyển thi của các con mình nói cho Sách Tuân biết. Sau đó quyển thi của con Lê Hy không được vào hạng trúng cách. Sách Tuân bèn bí mật đưa quyển thi của con Lê Hy cho khảo quan [Giám khảo] phê lấy đỗ. Đề điệu [Chánh chủ khảo] trường thi là phó đô ngự sử Ngô Hải biết chuyện, thề với Sách Tuân sẽ giấu kín đi cho. Việc này, bị Phan Tự Cường, Tham chính Thanh Hóa, phát giác ra. Triều đình giao xuống cho các quan văn, quan võ hội bàn. Sách Tuân bị tội giảo [thắt cổ], Ngô Hải vì không biết giữ lòng chính trực, bị bãi chức; các quan Phúc khảo, Giám khảo đều bị phạt, Tự Cường được thăng chức Thiêm đô ngự sử.
Vụ xử này thiếu công bằng, nên Sử quan triều Nguyễn có lời cẩn án trong Cương Mục như sau:
“Lê Hy làm Tể tướng trong nước, lại gửi gắp con với viên quan giữ việc chấm thi, Sách Tuân xu nịnh riêng với người đại thần mà nhận lời ký thác, buộc vào pháp luật, thì hai người này tội cũng như nhau. Thế mà chỉ một mình Sách Tuân phải chịu tội, còn bố con Lê Hy thì không xét hỏi gì đến, như thế, còn có thể gọi là hình pháp gì nữa? Phan Tự Cường biết hặc Sách Tuân mà không một lời nào đả động đến Lê Hy, thì cùng với người nịnh hót Lê Hy cũng chẳng hơn kém nhau mấy tý. Tự Cường cũng một loại như Sách Tuân mà thôi.”
Tại miền Nam vào tháng 3 [2/4-30/4/1696], dựng trường pháo ở sau phủ. Triệu các quan văn võ cùng các đội trưởng, văn chức và tam ty họp nhau diễn tập. Ai bắn trúng thì được thưởng tiền theo thứ bực, trúng luôn 3 lần thì được thưởng một tấm nhiễu hồng; từ đấy hàng năm theo làm thành lệ thường. Ngày Mậu dần [23/4/1696], Hoàng mẫu họ Tống, mẹ của Chúa mất.
Tháng giêng năm Đinh Sửu Chính Hòa thứ 18 [23/1-20/2/1697], (Thanh, năm Khang Hy thứ 36); sai sứ thần sang nhà Thanh. Chánh sứ Nguyễn Đăng Đạo, Nguyễn Thế Bá, Phó sứ Đặng Đình Tướng, Nhữ Tiến Hiền sung phái bộ nộp tuế cống, nhân tiện tâu bày việc biên giới. Do trước kia, một số đất tại 3 châu Bảo Lạc, Vị Xuyên, Thủy Vĩ thuộc Tuyên Quang, Hưng Hóa bị phủ Khai Hóa nhà Thanh chiếm. Sứ bộ dâng sớ đòi trả lại, nhưng nhà Thanh vẫn không chịu trả:
“Ngày 18 Giáp Ngọ tháng 11 năm Khang Hy thứ 36 [30/12/1697]
Quốc vương An Nam Lê Duy Chính dâng sớ tâu:
‘Ba xứ Ngưu Dương, Hồ Ðiệp, Phổ Viên của nước thần bị Thổ ty tại biên giới lân quốc xâm chiếm, xin ban sắc cho quan địa phương cấp trả lại.’
Lúc bấy giờ Tuần phủ Vân Nam Thạch Văn Thịnh đến kinh đô bệ kiến, Thiên tử hỏi về việc biên cảnh An Nam; Thạch Văn Thịnh tâu rằng:
‘Ba xứ Ngưu Dương, Hồ Ðiệp, Phổ Viên nội thuộc dưới thời Minh. Từ khi triều ta mở mang Vân Nam lấy thuế tại Mông Tự (2); đến năm Khang Hy thứ 5 cải thuộc vào phủ Khai Hóa đã 30 năm nay; hoàn toàn không thuộc vào đất An Nam. Y [Quốc vương An Nam] nghe xằng nói sai, tự tiện tâu lên, lại còn điều binh đến biên giới. Lúc bấy giờ thần cùng quan Tổng đốc thể theo chính sách nhu viễn của Hoàng thượng, lệnh cho quân phòng thủ không được khinh động. Thần nghĩ rằng đất này được nhập vào bản đồ từ lâu, lại ở trong biên cảnh, không thể cấp trả lại.’
Thiên tử mệnh bọn Ðại học sĩ bàn bạc kỹ. Lại bàn, tâu rằng:
‘Quốc vương An Nam Lê Duy Chính không quan sát đầu đuôi, nghe xằng nói sai, lại điều binh đến biên giới trú đóng, sinh sự hành động càn; đáng ra văn thư thông sức.’
Thiên tử chấp thuận.” (Thanh Thực Lục ,Thánh Tổ Thực Lục quyển 186, trang 5; tập 5, trang 984-985)
Tháng 11 [13/12/1697-11/1/1698] ; sách Quốc Sử Thực Lục [Đại Việt Sử Ký Tục Biên] đã biên soạn xong. Năm Cảnh Trị [1663-1671] , Tham tụng Phạm Công Trứ chép nối theo quốc sử từ Trang Tông đến Thần Tông, nhưng việc khắc ván gỗ chưa xong. Năm Vĩnh Trị thứ nhất [1676], Hồ Sĩ Dương trông coi việc Quốc sử, Sĩ Dương mất, triều đình lại sai Lê Hy và Nguyễn Quý Đức biên soạn sự thực trong 13 năm từ Huyền Tông đến Gia Tông, cũng gọi là Tục Biên. Đến nay sách đã biên soạn xong, dâng nộp. Triều đình bèn cho khắc cả hai bộ sách này, ban hành trong nước.
Tại miền Nam vào tháng 8 [15/9-14/10/1697], bắt đầu đặt phủ Bình Thuận, lấy đất từ phía tây Phan Rang, Phan Rí chia làm hai huyện An Phước và Hòa Đa, cho sáp nhập vào.
Tháng 4 năm Mậu Dần Chính Hòa thứ 19 [10/5-7/6/1698], (Thanh, năm Khang Hy thứ 37); bọn sứ thần Nguyễn Đăng Đạo từ triều đình nhà Thanh trở về nước. Nhắc lại việc đòi đất bị mất bởi nhà Thanh: Trước kia, 3 động Ngưu Dương, Hồ Điệp và Phổ Viên thuộc châu Vị Xuyên xứ Tuyên Quang, bị thổ ty phủ Khai Hóa nhà Thanh xâm chiếm. Chúa Trịnh bàn tính việc tranh luận để lấy lại 3 động. Tham tụng Nguyễn Văn Thực xin đợi kỳ tuế cống sẽ làm một tờ phụ tấu về việc này. Năm Chính Hòa thứ 11 (1690), Nguyễn Danh Nho đã sang tâu bày, nhưng công việc không xong. Năm ngoái [1697] Nguyễn Đăng Đạo lại đem quốc thư sang xin nhà Thanh trả lại đất 3 động. Vua Thanh toan sai viên quan đại thần đi khám xét. Vương Kế Văn, tổng đốc Vân Quý, dâng sớ nói:
"3 động ấy là đất cũ của thổ mục Nùng Vạn Chung, khoảng năm Thuận Trị (1644-1661), niên hiệu Thế Tổ nhà Thanh), ở Mông Tự vẫn thu lương của ba động ấy; năm Khang Hy thứ 5 (1666) đổi thuộc phủ Khai Hóa, trong sổ lấy tên là Đông An Lý, từ bấy đến nay, trải 30 năm đã có định ngạch".
Ngay lúc ấy Thạch Văn Thịnh, tuần phủ Vân Nam, vào yết kiến vua nhà Thanh, dâng địa đồ nói:
"3 động ấy từ đời nhà Minh đã thuộc về đất Trung Quốc, không phải đất của An Nam".
Vua nhà Thanh dụ bảo bầy tôi nội các bàn luận xác đáng sẽ tâu bày. Lúc bàn luận, Đăng Đạo cố bẻ bác bàn cãi, nên việc này chưa giải quyết được. Vua nhà Thanh bèn theo lời tâu của bộ, sai làm tờ thư từ chối không nhận lời thỉnh cầu của nước ta.
Sử thần triều Nguyễn viết lời Cẩn Án về việc này, trong Cương Mục như sau:
“Năm ấy, Đăng Đạo phụng sự đi sứ, đem việc mất đất 3 động Ngưu Dương, Hồ Điệp và Phổ Viên tâu bày biện luận, bị nội các nhà Thanh bác đi. Nay tham khảo sách An Nam Kỷ Yếu chép:
"Năm Khang Hy thứ 30 (tức năm Chính Hòa thứ 12,1691), Sứ thần nước ta tâu nói: Thổ ty phủ Khai Hóa xâm chiếm xã, thôn 60 động về đất biên giới thuộc 3 châu Vị Xuyên, Bảo Lạc, Thủy Vĩ, và xâm chiếm 3 châu Quảng Lăng, Hoàng Nham và Hợp Phì".
Như vậy thì số đất bị mất không phải chỉ có 3 động ở Vị Xuyên mà thôi đâu. Sau này, đến năm Bảo Thái thứ 9 (1728), người nhà Thanh trả lại đất nước ta cũng chỉ trả có: núi xưởng chì ở Vị Xuyên, núi xưởng đồng ở Tụ Long, cộng 120 dặm . Còn như những đất đã mất ở châu Bảo Lạc, châu Thủy Vĩ cùng 3 động Ngưu Dương. Hồ Điệp, Phổ Viên ở Vị Xuyên, vẫn không thấy trả lại. Xem như thế thì đất ở biên giới nước ta bị mất về nhà Thanh còn nhiều. Đại để, nhà Lê từ Trung Hưng trở về sau, giường mối vua tôi không rõ rệt, thế nước ngày một suy yếu dần, một dãi đất ở thượng du phó mặc cho bọn phiên thần nối đời coi giữ, hoặc chúng đem đất công bán riêng cho người nước ngoài, hoặc chúng cùng người nước ngoài xâm cướp lẫn nhau, triều đình chỉ ràng buộc lỏng lẻo mà thôi. Tình tệ này không phải mới xảy ra mà chứa chất đã từ lâu lắm. Đến lúc Vũ Công Tuấn bội bạn, chạy sang nhà Thanh, thổ ty nhà Thanh bèn nhân đấy chiếm đoạt bằng cách ăn hiếp. Thế thì việc mất 3 động này có lẽ vào khoảng năm Dương Đức-Vĩnh Trị (1672-1680). Còn như Vương Kế Văn và Thạch Văn Thạnh nói: "3 động Ngưu Dương thuộc vào Trung Quốc đã lâu", chẳng qua bọn này chỉ bịa đặt lời nói vu vơ để thỏa mãn được sự chiếm đoạt hàm hồ mà thôi. Lúc ấy triều đình nhà Lê, chỉ chiều vâng theo, không biết bày tỏ cương giới hai bên để biện bạch cho được chính xác, thành ra suốt đời nhà Lê, cương giới nước ta phải chìm đắm vào nước khác, không sao lấy lại được, đáng tiếc biết chừng nào!”
Tại miền Nam, vào tháng 2, sai Thống suất Nguyễn Hữu Kính kinh lược đất Chân Lạp. Chia đất Đông Phố, lấy xứ Đồng Nai làm huyện Phước Long, dựng dinh Trấn Biên (tức Biên Hòa), lấy xứ Sài Gòn làm huyện Tân Bình, dựng dinh Phiên Trấn (tức Gia Định). Tại mỗi dinh đều đặt các chức Lưu thủ, Cai bạ, Ký lục và các cơ đội thuyền thủy bộ tinh binh và thuộc binh. Mở rộng đất được nghìn dặm, được hơn 4 vạn hộ, bèn chiêu mộ những dân phiêu bạt từ Bố Chính [Quảng Bình] trở về Nam cho đến ở cho đông. Thiết lập xã thôn phường ấp, chia cắt giới phận, khai khẩn ruộng nương, định lệnh thuế tô dung, làm sổ đinh điền. Lại lấy người Thanh đến buôn bán ở Trấn Biên lập làm xã Thanh Hà, ở Phiên Trấn, lập làm xã Minh Hương. Từ đó người Thanh ở buôn bán đều thành dân của ta.
Tháng 4 năm Kỷ Mão Chính Hòa thứ 20 [30/4-28/5/1699], (Thanh, năm Khang Hy thứ 38); nhà Lê Trịnh sai Hà Tôn Mục và Nguyễn Hành kinh lý đất biên giới Tuyên Quang. Bấy giờ Sầm Trì Phượng, ở châu Tiểu Trấn Yên [phủ Trấn Yên, Quảng Tây] nhà Thanh, thường đem quân xâm lấn quấy rối biên giới châu Bảo Lạc [Cao Bằng], lính phòng thủ biên giới không sao ngăn cản được. Triều đình sai bọn Tôn Mục và Nguyễn Hành đi kinh lý địa phương này. Tôn Mục bèn đưa thư cho Trì Phượng, trình bày lý lẽ các mặt. Trì Phượng đáp thư tạ lỗi và xin triệt hết quân đi, do đấy dân ở biên giới được yên ở như cũ. Khi trở về triều, Chúa Trịnh Căn khen Tôn Mục và Nguyễn Hành là người có tài, thăng Tôn Mục chức Tự khanh, Nguyễn Hành Đô cấp sự. Sau Trì Phượng cho thuộc hạ là Diệp Chi đem ngựa đến dâng, Trịnh Căn tặng cho khá hậu.
Tại miền Nam, vào tháng 7 [27/7-24/8/1699], Nặc Thu nước Chân Lạp làm phản, đắp các thành Bích Đôi, Nam Vang và Cầu Nam, cướp bóc dân buôn. Tướng Long Môn là Trần Thượng Xuyên đóng giữ Doanh Châu [Vĩnh Long] đem sự việc báo lên.
Tháng 10 [21/11-20/12/1699], Chúa Nguyễn sai Nguyễn Hữu Kính làm Thống suất, Cai bạ Phạm Cảm Long làm Tham mưu, Lưu thủ Trấn Biên là Nguyễn Hữu Khánh làm Tiên phong, lãnh quân hai dinh Bình Khang, Trấn Biên, và thuộc binh 7 thuyền dinh Quảng Nam, cùng với tướng sĩ Long Môn đi đánh.
Đến tháng 2 năm sau [21/3-18/4/1700], Nguyễn Hữu Kính đem quân các đạo tiến vào nước Chân Lạp, đóng ở Ngư Khê [Rạch Cá], sai người dò xét thực hư, chia đường tiến quân.
Tháng 3[19/4-18/5/1700], Thống binh Trần Thượng Xuyên cùng quân giặc đánh liên tiếp nhiều trận, đều được. Khi quân ta đến thành Bích Đôi và Nam Vang, Nặc Thu đem quân đón đánh. Nguyễn Hữu Kính mặc nhung phục đứng trên đầu thuyền, vung gươm vẫy cờ, đôn đốc các quân đánh gấp, tiếng súng vang như sấm. Nặc Thu cả sợ, bỏ thành chạy. Nặc Yêm, con Nặc Nộn Vua thứ hai ra hàng; Hữu Kính vào thành, vỗ yên dân chúng.
Tháng 4 [19/5-16/6/1700], Nặc Thu đến cửa quân đầu hàng, xin nộp cống. Nguyễn Hữu Kính báo tin thắng trận rồi lùi quân đóng đồn ở Lao Đôi, tiếp tục kinh lý việc biên giới.
Tại Gia Định, vào tháng 10 Chính Hòa thứ 20 [21/11-20/12/1699], sai tra bắt người theo đạo Hoa Lang [Thiên Chúa] (3). Phàm người Tây phương đến ở, đều đuổi về nước.
Tháng 6 năm Canh Thìn, Chính Hòa thứ 21 [16/7-14/8/1700], (Thanh, năm Khang Hy thứ 39). Người Ai Lao Lạc Hòn [Savannakhet, Lào] xin vào dâng lễ cống, triều đình không nhận lời. Quân Lạc Hòn đánh Triều Phúc tại Trấn Ninh, không thắng được. Triều Phúc thường dựa vào thanh thế họ Trịnh, Lạc Hòn bèn đưa thư cho đốc suất Nghệ An là Lê Huyến xin vào dâng lễ cống và xin bắt Triều Phúc đem về, để người Lào được đặt Tù trưởng khác. Phủ Chúa hội bàn, nhận rằng Trấn Ninh phụ thuộc làm tôi triều đình đã lâu, việc cống nạp và tô thuế không thiếu thốn; vả lại danh vị chức phận các Tù trưởng ngang nhau, triều đình không nên có lòng bênh người này bỏ người nọ. Vì thế, triều đình hạ lệnh cho Lê Huyến lấy ý nghĩa dụ bảo mà từ chối lời thỉnh cầu của Lạc Hòn. Quân của Lạc Hòn ước hơn ba ngàn người, không có đội ngũ, phân tán ra ở các nơi để cày cấy làm ăn. Họ thấy thành Mang Chan, Trấn Ninh có quân áo đen, ngờ là Triều Phúc được quân viện trợ, sợ lắm, mùa thu năm ấy lại xin cùng Triều Phúc giải hòa và xin dâng thớt voi. Lê Huyến dịch bức thư của họ dâng về triều, Trịnh Căn hạ lệnh an ủi. Sau Triều Phúc lại đánh Lạc Hòn, nhưng không thắng được, bèn rút về.
Tại miền Nam vào tháng 5 [17/6-15/7/1700], Thống suất chưởng cơ Nguyễn Hữu Kính chết. Trước đó Hữu Kính đóng quân ở Lao Đôi [Campuchia] bị bệnh nặng, bèn than rằng :
“Ta muốn hết sức báo đền ơn nước nhưng số trời có hạn, sức người làm được gì đâu ?”
Bèn kéo quân về, đi đến Sầm Khê [Rạch Gầm, Tiền Giang] thì mất, bấy giờ 51 tuổi. Chúa nghe tin thương tiếc, tặng Hiệp tán công thần đặc tiến chưởng dinh, thụy là Trung cần; cho vàng lụa để hậu táng. Người Chân Lạp lập đền thờ, năm Minh Mệnh thứ 12 [1831], phong Vĩnh An hầu).
Tháng 7 [15/8-12/9/1700], bắt đầu định sắc cờ cho các thuyền vận tải, ra lệnh cho thuyền các hạt chở thuế, mỗi hạt có sắc cờ riêng : Thăng Hoa [Quảng Nam] thì cờ vàng, Điện Bàn [Quảng Nam] cờ xanh, Quảng Ngãi cờ đỏ, Quy Ninh [Qui Nhơn] cờ trên đỏ dưới trắng, Phú Yên cờ trên trắng dưới đen, còn Bình Khang [Khánh Hòa], Diên Ninh [Ninh Thuận], Bình Thuận, Gia Định thì cờ trên xanh dưới đỏ, để cho dễ nhận.
Tháng 4 năm Tân Tỵ, Chính Hòa thứ 22 [8/5-5/6//1701], (Thanh, năm Khang Hy thứ 40). Vi Vinh Diệu, Thổ tù châu Tư Lăng [Quảng Tây], xâm lấn ruộng của dân châu Lộc Bình [Lạng Sơn]. Triều đình sai Thổ ty Vi Phúc Vĩnh phòng bị. Lúc ấy, lúa chiêm đã chín, Vinh Diệu đem dân đến lấn cướp. Được tin này, triều đình bèn sai Phúc Vĩnh đốc thúc dân chúng ở ven biên giới, trong thời kỳ lúa chín phải phòng bị nghiêm cấm, cốt sao không để người nước ngoài vượt biên giới gặt tranh lúa của dân mà thôi; không nên bạo động, gây hấn khích ở biên giới.
Tại miền Nam, vào tháng giêng [8/2-9/3/1701] Chúa Nguyễn sai Ngoại tả chưởng dinh Tôn Thất Diệu, Nội hữu cai cơ Tống Phước Tài, Văn chức Trần Đình Khánh, Thủ hợp Nguyễn Khoa Chiêm đi Quảng Bình trông coi các quân sửa đắp chính lũy, từ núi Đâu Mâu [huyện Quảng Ninh, Quảng Bình] đến cửa biển Nhật Lệ [Đồng Hới, Quảng Bình] ; ở hai lũy Trấn Ninh và Sa Phụ đắp thêm đài súng lớn, đặt điếm tuần thủy và bộ. Lại coi khắp hình thế đầu non cửa biển, đường sá xa gần, núi sông hiểm dễ, vẽ đồ bản dâng trình. Sau 3 tháng công việc làm xong, thưởng cho tướng sĩ 500 lạng bạc, 800 quan tiền.
Tháng 8 [3/9-1/10/1701], mở khoa thi; Chúa ra đầu đề. Lấy trúng cách về Chính đồ được 4 Giám sinh, 4 Sinh đồ và 5 Nhiêu học; trúng cách về Hoa văn được 17 người, trúng cách về Thám phỏng được 1 người. Giám sinh bổ Tri phủ, Sinh đồ bổ Tri huyện, Nhiêu học bổ Huấn đạo; Hoa văn và Thám phỏng bổ vào ba ty.
Tháng giêng năm Nhâm Ngọ, Chính Hòa thứ 23 [28/1-26/2/1702], (Thanh, năm Khang Hy thứ 41); Thanh Hoa có nạn lụt, nước sông dâng cao, đê Thanh Hoa bị vỡ, dân đói. Triều đình trích một vạn quan tiền trong kho nội phủ, chia làm hai phần: một phần chẩn cấp cho nơi nào thóc lúa bị tổn hại; một phần chẩn cấp cho dân phu làm công việc hàn lấp khúc đê vỡ. Lại mở kho ở trấn lấy thóc phát chẩn cho dân bị đói; miễn thuế đinh và hộ.
Tại miền Nam, vào tháng 5 [27/5-24/6/1702], Chúa Nguyễn Phúc Chu sai bọn Hoàng Thần, Hưng Triệt đem quốc thư và cống phẩm gồm: kỳ nam 5 cân 4 lạng, vàng sống 1 cân 13 lạng 5 đồng cân, ngà voi 2 chiếc nặng 350 cân, mây song hoa 50 cây, sang Quảng Đông để cầu phong. Thần và Triệt là người Quảng Đông, theo hòa thượng Thạch Liêm [Thích Đại Sán] đến yết kiến, do đó Chúa sai đi. Nhân bấy giờ thuyền đi cống của Xiêm La bị gió bão, đậu ở hải phận; bèn sửa sang thuyền lái và giúp đỡ lương thực cho họ, rồi sai bọn Thần, Triệt cùng đưa đi. Vua Thanh hỏi bầy tôi về việc này, họ đều nói rằng:
“Nước Quảng Nam hùng thị một phương, Chiêm Thành, Chân Lạp đều bị thôn tính, sau tất sẽ lớn. Duy nước An Nam còn có nhà Lê ở đó, chưa có thể phong riêng được.”
Việc phong bèn thôi. Thuyền Thanh thường đến buôn ở Quảng Nam, nên gọi miền Nam là nước Quảng Nam.
Bấy giờ giặc biển là người An Liệt [English, tức người Anh] có 8 chiếc thuyền đến đậu ở đảo Côn Lôn. Trưởng là bọn Tô Thích Già Thi 5 người tự xưng là Nhất ban, Nhị ban, Tam ban, Tứ ban, Ngũ ban [các cấp: quan Một, quan Hai, quan Ba, quan Tư, quan Năm] cùng đồ đảng hơn 200 người, lập trại sách, của cải chứa đầy, bốn mặt đều đặt đại bác. Trấn thủ dinh Trấn Biên là Trương Phước Phan đem việc báo lên. Chúa sai Phước Phan tìm cách trừ bọn ấy.
Vào tháng 10 năm sau [9/11-7/12/1703], dẹp yên đảng An Liệt. Trước đó Trấn thủ Trấn Biên Trương Phước Phan mộ 15 người Chà Và [Java, Indonesia] sai làm kế trá hàng đảng An Liệt để thừa chúng sơ hở thì giết. Bọn An Liệt không biết; đóng ở Côn Lôn hơn một năm không thấy Trấn Biên xét hỏi, tự lấy làm đắc chí. Người Chà Và nhân đêm phóng lửa đốt trại, đâm chết Nhất ban, Nhị ban, bắt được Ngũ ban trói lại, còn Tam ban, Tứ ban thì theo đường biển trốn đi. Phước Phan nghe tin báo, tức thì sai binh thuyền ra Côn Lôn, thu hết của cải bắt được dâng nộp. Chúa trọng thưởng người Chà Và và tướng sĩ theo thứ bực. Tên Ngũ ban thì đóng gông giải đi, chết ở dọc đường.
Tháng giêng năm Quí Vị, Chính Hòa thứ 24 [16/2-16/3/1703], (Thanh, năm Khang Hy thứ 42); Chúa Trịnh Căn phong cho chắt [cháu 4 đời] là Cương làm Tiết chế, An quốc công. Trước kia, con cả của Trịnh Căn là Vĩnh chết sớm, Căn dùng con thứ ba là Bách làm thừa tự để chuẩn bị nối dõi; rồi Bách chết, dùng con của Vĩnh là Bính thừa tự. Bính sinh con là Cương, năm ấy 18 tuổi. Nay Bính chết, Căn thấy mình tuổi già mà người thừa kế chưa ổn định, bèn triệu Bồi tụng Nguyễn Quý Đức vào hỏi. Quý Đức thưa:
"Trọng trách trông coi việc nước, vỗ về quân lính, phải thuộc về người chắt trưởng, xin quyết định ngay, để cắt đứt sự dòm ngó".
Trịnh Căn mới cả quyết, bèn dùng Cương kế tự, làm tờ biểu tiến phong Cương làm Khâm sai tiết chế các dinh quân thủy quân bộ kiêm giữ hết cơ quan chính quyền, chức Thái úy, tước An quốc công, mở phủ Lý quốc.
Tháng 3 năm Giáp Thân, Chính Hòa thứ 25 [4/4-3/51704], (Thanh, năm Khang Hy thứ 43). Trước đây Trịnh Luân và Trịnh Phất là con Tiết chế quá cố Trịnh Bách, tự cho là đáng được tập phong nối nghiệp. Đến nay, Trịnh Cương do vai chắt của Chúa Trịnh Căn lại được mở phủ đệ, nên Luân và Phất cấu kết với với bọn Đào Quang Giai làm bè đảng giúp sức, định mưu cướp ngôi của Trịnh Cương. Hiệu thảo Nguyễn Công Cơ dò biết việc này, đem báo cáo cho Trịnh Căn biết. Căn bèn giao bọn này cho ngục Đình úy tra hỏi, họ đều nhận tội; Nguyễn Công Cơ được thăng chức Thị lang.
Cũng vào tháng 3 tại miền Nam, Chúa Nguyễn sai Ngoại tả chưởng dinh Tôn Thất Diệu, Văn chức Trần Đình Thuận đốc suất quân lính đắp kè đập ở kênh Hà Kỳ [huyện Vĩnh Linh, Quảng Trị], từ xã Lai Cách đến xã Thủy Liên, phàm 5 sở, để tiện việc vận tải.
Tháng 7 [1/8-29/8/1704], xãy ra trận hỏa hoạn lớn, từ chợ Phú Xuân [Huế] đến phủ Đông Trì [huyện Hương Trà, Thừa Thiên], cháy lan hơn một vạn nhà.
Tháng 10 [29/10-26/11/1704], lấy Chưởng cơ Nguyễn Hữu Hào làm Trấn thủ Quảng Bình. Hào đến trấn, yêu thương quân sĩ, yên vỗ trăm họ, quân dân đều mến. Trước đây Nguyễn Hữu Hào có lỗi không cương quyết trong việc bình định Chân Lạp, nên bị Chúa Nguyễn Phúc Trăn cách chức; sau đó vào năm 1691, được Chúa Nguyễn Phúc Chu khôi phục cho làm Cai cơ.
Tháng 4 năm Ất Dậu, Chính Hòa thứ 26 [23/5-20/6/17051705], (Từ tháng 4 trở về sau thuộc năm Vĩnh Thịnh thứ nhất triều Dụ Tông - Thanh, năm Khang Hy thứ 44); Vua Lê Hy Tông hạ chiếu truyền ngôi cho thái tử Duy Đường, rồi lên làm Thái thượng hoàng.
Tháng 7 [19/8-17/9/1705], tại miền Nam, Chúa Nguyễn Phúc Chu sai Chánh thống cai cơ Nguyễn Cửu Vân đánh Chân Lạp và đưa Nặc Yêm về nước. Yêm là con Nặc Nộn; sau khi Nặc Nộn chết, Nặc Thu phong Yêm làm chức Tham Đích Sá Giao Chùy, đem con gái gả cho. Sau Thu vì tuổi già, truyền ngôi cho con là Nặc Thâm. Thâm ngờ Yêm có ý chống lại, bèn nỗi binh đánh nhau, lại nhờ Xiêm La giúp. Yêm chạy sang Gia Định cầu cứu với triều đình; Chúa bèn sai Vân lãnh quân thủy bộ Gia Định tiến đánh Nặc Thâm. Vân đến Sầm Khê [Rạch Gầm, Tiền Giang] gặp quân Xiêm, đánh tan. Thâm cùng em là Nặc Tân chạy sang Xiêm. Nặc Yêm lại trở về thành La Bích. Bấy giờ Xá sai ty Phiên Trấn là Mai Công Hương làm Tào vận tới sau, bị quân giặc chặn lại, lính vận tải sợ chạy. Hương bèn đục thủng thuyền làm đắm lương thực, rồi nhảy xuống sông chết, nên giặc không lấy được gì hết. Chúa nghe tin, sai phong Hương làm thần “Vị quốc tử nghĩa”, dựng đền để thờ. Chân Lạp dẹp xong, Vân cho khẩn ruộng ở Cù Ao thuộc tỉnh Định Tường, làm gương cho quân dân noi theo. Lại lo giặc thường đến đất này quấy rối phía sau lưng quân ta, bèn đắp lũy dài để vững việc phòng ngự.
Chú thích:
1.Cát sủi : Chữ là phí sa, một thứ cát có chứa chất xút, bỏ vào nước thì sôi lên, người ta dùng để gội đầu
2.Mông Tự: Thời Thanh huyện Mông Tự thuộc phủ Lâm An, tỉnh Quảng Tây.
3.Đạo Hoa Lang : Đạo Thiên chúa, vì người đem đạo ấy đầu tiên vào nước ta là người Hà Lan hay Hoa Lang.
