Hiện nay trên địa bàn thành phố HCM đã phát hiện được hàng chục di tích khảo cổ học và hàng trăm di tích Lịch sử – Văn hóa, di tích Lịch sử Cách mạng. Trong số khoảng 50 di tích Lịch sử Văn hóa Quốc gia của thành phố có 2 di tích khảo cổ học là di tích mộ chum Giồng Cá Vồ và Lò gốm cổ Hưng Lợi thuộc hai giai đoạn lịch sử của thành phố : thời tiền sử ( cách nay 2500 năm) và thời lịch sử ( thế kỷ 18-19). Còn lại là các di tích kiến trúc- nghệ thuật- tôn giáo và di tích lịch sử cách mạng. Các cuộc điều tra khảo sát và khai quật đã phác họa bản đồ KCH của thành phố phân bố như sau:

- Khu vực 1: vùng đồi gò cao thềm phù sa cổ của sông Đồng Nai, phân bố phía Tây bắc từ huyện Củ Chi - Hốc Môn- quận 12 sang Thủ Đức- quận 2- quận 9. Địa hình gò cao còn lan xuống một số quận nội thành như quận 1,3,6,11…Các di tích ở khu vực này có niên đại từ 3000-2500 năm cách ngày nay, đó là di tích Rỏng Bàng( Hốc Môn), Bến Đò, Long Bửu, Hội Sơn( quận 9), Gò Cát( quận 2)…

- Khu vực 2: vùng đất thấp trũng phía Nam-Đông nam, là đồng bằng thành tạo chưa hoàn chỉnh lại thường xuyên ngập mặn tạo nên hệ sinh thái kiểu rừng Sác. Hệ thống 25 di tích tập trung trên các giồng đất đỏ ở huyện Cần Giờ, niên đại từ 2500-1500 năm cách ngày nay và một số địa điểm ở huyện Bình Chánh.

- Khu vực 3: là các quận nội thành hiện nay, nhất là trung tâm Sài Gòn- Chợ Lớn. Gồm các di tích có niên đại từ TK 18 đến nay như Gò Cây Mai , (quận 11), cầu Bình Lợi( Bình Thạnh), khu đất Nhà thờ Đức Bà-Bảo tàng thành phố- Thư viện- Tòa án, khu vực Trụ sở Hải quan TP, đường Tôn Đức Thắng dọc cảng Bến Nghé xưa. Một số di tích được sử sách ghi lại là đã xây dựng trên các di tích thuộc Văn hóa Óc Eo như  Chùa Gò (Phụng Sơn Tự) nhưng đến nay không thể khai quật vì di tích phía trên cũng rất tiêu biểu cho giai đoạn lưu dân vào khai phá xây dựng vùng Gia Định- Bến Nghé.

Cho đến nay có 10 di tích KCH đã khai quật , gồm 8 di tích thời tiền-sơ sử và 2 di tích lịch sử, xếp theo niên đại từ sớm đến muộn đó là các di tích: Bến Đò, Rỏng Bàng, Long Bửu, Khu Bao Đồng, Giồng Cá Vồ, Giồng Phệt, Giồng Cá Trăng, Giồng Am, Phụng Sơn Tự, Lò gốm cổ Hưng Lợi. Ngoài ra còn khai quật xử lý một số mộ cổ như khu mộ cổ Vườn Chuối (quận 3), Phú Thọ (quận 11), Gò Cát (quận 2), mộ xác ướp Xóm cải (quận 5), mộ cổ trong khuôn viên Dinh Thống Nhất, và gần đây là cuộc khai quật mộ cổ đường Nguyễn Tri Phương và mộ xác ướp Xuân Thới Thượng (Củ Chi). Các di tích tiền- sơ sử đều là di chỉ cư trú hoặc mộ táng, hầu hết phát hiện tình cờ nhưng đã được khai quật một cách khoa học và với quy mô lớn, tư liệu hiện vật được nghiên cưú và lưu giữ cẩn thận, nhiều hiện vật đã được trưng bày tại hai bảo tàng lớn của thành phố nhằm giới thiệu phần nào về lịch sử xa xưa của vùng đất này. Tuy nhiên, do các di tích phân bố trên đồi gò, ngoài đồng ruộng nên đang bị thời gian, thiên nhiên và cả quá trình sinh sống của con người huỷ hoại dần. Những di tích đã được khai quật cũng không có điều kiện để bảo tồn, tôn tạo để trở thành baỏ tàng tại chỗ. Điều này đã hạn chế việc nghiên cứu cũng như phát huy giá trị nhiều mặt của di tích. Mặc dù số lượng di tích tiền- sơ sử khai quật còn ít nhưng đều là những di tích tiêu biểu cho các giai đoạn phát triển của thành phố, là những mắt xích quan trọng nối liền từ khoảng 3000 năm trước đến nay. Đặc biệt giai đoạn 1-2 thế kỷ trước - sau Công Nguyên là thời kỳ diễn ra quá trình chuyển biến từ các văn hóa thời tiền sử như văn hóa Đồng Nai, văn hóa Giồng Phệt sang nền Văn minh Óc Eo của quốc gia cổ Phù Nam. Hay nói một cách khác, một trong những con đường hình thành nền văn minh Óc Eo đã thể hiện khá rõ từ các di tích KCH ở TP.HCM nói riêng và miền Đông Nam bộ nói chung.

Các di tích KCH lịch sử mới chỉ có 2 di tích được khai quật chính thức, đó là Chùa Gò ( Phụng Sơn Tự), niên đại TK 5 và Lò gốm cổ Hưng Lợi (TK 18-đầu TK 20). Hai di tích này cũng như nhiều di tích lịch sử khác nằm ở khu vực chịu tác động mạnh mẽ cuả những biến động xã hội  nhất là từ TK 19 đến nay. Quá trình đô thị hóa đã làm mất đi dấu tích cuả Gia Định thành (thành Quy) thời Gia Long, thành Phụng thời Minh Mạng, của Bến Nghé- Sài Gòn  cuối TK 19 với những làng nghề, xóm nghề, xưởng thợ, phố chơ, cảng thị… trung tâm kinh tế- văn hóa lớn nhất cuả cả đàng trong từ thời các Chúa Nguyễn. Thay vào đó là một đô thị kiểu phương Tây với quy hoạch 2 trung tâm: 1. Sài Gòn (khu hành chính, công sở, công xưởng, nhà máỷ… ), các công trình ở đây thường xây dựng trên các gò cao ven sông Sài Gòn và rạch Bến Nghé- tuyến giao thông chính nối liền Gia Định với những nơi khác; 2. Chợ Lớn  là khu thương mại, buôn bán, các làng nghề thủ công… phát triển dựa vào mạng lưới kênh rạch dày đặc làm đường giao thông và địa bàn chủ yếu mà cộng đồng người Hoa sinh sống bằng nghề thủ công và thương nghiệp. Cho đến nay hai khu vực này vẫn phát huy tốt vai trò vị trí cuả mình trong sự phát triển nhanh chóng của thành phố  qua mọi thời kỳ lịch sử. Chắc hẳn các nhà quy hoạch - kiến trúc ở TP HCM đã có sự tìm hiểu nhất định về phương pháp quy hoạch của người Pháp từ hồi đầu thế kỷ XX về định hướng cho sự phát triển của thành phố tương lai… để tránh tình trạng quy hoạch cuả nhà nước luôn đi sau sự phát triển tự phát của dân như hiện nay, nếu không, những khu đô thị –quy hoạch mới mãi mãi chỉ là những cái “làng có phố” mà thôi!

Trở lại với “Sài gòn 300 năm”, mặc dù nhiều di tích đã không còn nữa nhưng số còn lại vẫn được cố gắng gìn giữ, nhất là di tích kiến trúc-nghệ thuật là các cơ sở tôn giáo- tín ngưỡng. So với Hà Nội hay Huế thì loại hình này ở Sài Gòn không nhiều, niên đại muộn, đặc trưng kiến trúc- trang trí thể hiện sự giao lưu văn hóa đậm nét, nhiều chiều… mà nếu không từ góc độ bối cảnh lịch sử - văn hóa đặc thù của vùng đất này để nghiên cưú thì khó có được sự đánh giá thỏa đáng. Mặt khác, TP.HCM còn có các công xưởng, nhà máy, công trình xây dựng, máy móc từ cuối TK 19 - đầu TK 20 mà ngày nay được xếp vào loại hình di tích của ngành KCH Công nghiệp và đô thị. Vì vậy đây cũng là một thế mạnh của KCH thành phố.

Cho đến nay di tích KCH lịch sử duy nhất ở TP.HCM  được khai quật để vừa nhằm tìm hiểu về khoa học (cấu trúc, kỹ thuật xây dựng lò gốm cũng như kỹ thuật sản xuất các loại sản phẩm gia dụng của gốm Sài Gòn), vừa nhằm bảo tồn và tôn tạo di tích là Lò gốm cổ Hưng Lợi( quận 8) khai quật mùa khô 1997-1998. Để làm được điều này, ngay trong quá trình khai quật một cuộc hội thảo khoa học đã được tổ chức để bước đầu đánh giá giá trị di tích, từ đó định hướng cho phương pháp khai quật và bảo tồn di tích sau khi cuộc khai quật kết thúc. Một di tích khác thuộc thời tiền sử đã có “Dự án khai quật bảo tồn bảo tàng mộ chum” là di tích Giồng Cá Vồ. Di tích này được khai quật một phần cách nay 11 năm và  đã có sự nghiên cứu tìm hiểu tương đối kỹ về di tích di vật, bước đầu đã có cơ sở khoa học để định hướng và lập phương án khai quật sao cho có thể bảo tồn một cách hữu hiệu, đồng thời phát huy giá trị di tích trong tổng thể vùng du lịch sinh thái Cần Giờ. Đây là hai di tích khảo cổ học độc đáo ở TP.HCM được xếp hạng Di tích lịch sử-văn hóa Quốc gia.

Các di tích KCH ở TP.HCM đã mở rộng tầm nhìn của chúng ta vào lịch sử không chỉ là 300 năm mà là 3000 năm của vùng đất này. Tuy nhiên việc khai quật và bảo tồn loại hình di tích này chưa xứng với tầm quan trọng và giá trị cuả chúng.  Tại nhiều khu vực ở nội và ngọai thành có thể phát hiện di tích KCH nhưng việc quy hoạch và xây dựng hiện nay không hề lưu ý đến đặc điểm này, vì vậy nhiều di tích di vật đã bị phá huỷ vĩnh viễn, chưa kể tình trạng nhiều di tích lịch sử-văn hóa bị “trùng tu tôn tạo” một cách vô ý thức làm mất đi những gía trị đích thực. Di sản “văn hóa vật thể” cuả thành phố hiện còn không nhiều, phải làm gì đây để bảo vệ, bảo tồn những “nhân chứng” của lịch sử hàng ngàn năm, hàng trăm năm cuả thành phố?!