Cho đến nay Sài Gòn vẫn được coi là một “vùng đất mới ba trăm năm”, một “thành phố trẻ” hơn một thế kỷ. Tuy nhiên, những dấu tích trên vùng đất Sài Gòn đã cho biết nơi đây từng là một “cảng thị cổ” từ khoảng đầu Công nguyên. Đến nay đã qua 20 thế kỷ, trong bất cứ giai đoạn nào vùng đất Sài Gòn vẫn giữ vị thế địa lý trung tâm, đóng vai trò quan trọng trong sự phát triển và giao lưu kinh tế – văn hóa của vùng đất Nam bộ. Thương cảng Sài Gòn , từ góc độ lịch sử có thể coi là đặc điểm chủ yếu của “đô thị” Sài Gòn.

              Từ thế kỷ I – thế kỷ VII trung tâm phát triển của Văn hóa Óc Eo là miền Tây Nam Bộ, vùng đất Sài Gòn ở vào phía Bắc của khu vực trung tâm. Dấu tích của Văn hóa Óc Eo ở khu vực Cần Giờ là sự hiện diện của một hệ thống hàng chục di tích khảo cổ niên đại thế kỷ IV – VI là nơi cư trú và sản xuất nhiều loại gạch và chai gốm. Trên các giồng đất và dọc sông rạch còn tìm thấy nhiều mảnh gốm kiểu nồi, hũ, vò, cà ràng, nắp, vòi, ấm… là vật dụng sinh hoạt của cư dân cổ. Từ khoảng 500 năm trước Công nguyên, Cần Giờ là trung tâm của lưu vực Vàm Cỏ – Đồng Nai, do vị trí cửa sông – vịnh biển đã hình thành một “tiền cảng thị” phát triển thương mại đường biển với các đảo và quần đảo Đông Nam Á, với khu vực vịnh An Độ. Vào những thế kỷ đầu Công nguyên khi khu vực Óc Eo – Ba Thê (An Giang) trở thành cảng thị sầm uất của vương quốc cổ Phù Nam thì tại Cần Giờ chỉ còn hiện diện vài tộc người sinh sống bằng khai thác sản phẩm của biển và rừng ngập mặn, sản xuất một số loại gạch, gốm xây dựng có lẽ để phục vụ nhu cầu cư trú trên vùng lầy trũng của hạ lưu Vàm Cỏ – Đồng Nai.

            Cùng trong thời gian đó trong khu vực nội thành Sài Gòn hiện nay đã có nhiều công trình xây dựng ở trên gò cao hay ven sông rạch. Tại Gò Chùa (Phụng Sơn Tự – quận 11) đã tìm thấy những viên gạch lớn, các mảnh gốm Óc Eo mịn chắc màu hồng và xám nhạt, mảnh miệng bình, hũ, vòi và nắp ấm, phù điêu đất nung hình người có mặt tròn, gò má rộng, mũi rộng, môi dày. Một số địa điểm khác tìm thấy những vật liệu xây dựng bằng gạch, đá, gốm… Đa phần những di tích nay tìm thấy là đền tháp nhưng chắc chắn cư dân thời Óc Eo không chỉ xây dựng các công trình kiến trúc tôn giáo, nhưng cho đến nay chưa tìm thấy nhiều di tích nhà ở và nơi sinh hoạt. Tại huyện Bình Chánh tìm thấy một số cọc nhà sàn ven kênh rạch cổ, quận 9 tìm thấy một chiếc ghe độc mộc, nằm sâu 1,5m dưới lớp bùn ven sông Tắc – một nhánh của sông Đồng Nai. Chiếc ghe còn khá nguyên vẹn, dài khoảng 7m, rộng nhất 1m, hình dáng giống những chiếc thuyền độc mộc của người Mạ, người Stiêng hiện nay. Niên đại C¹⁴ của chiếc ghe cổ này là 1.300 + 60 năm cách ngày nay, tức là vào khoảng thế kỷ thứ VII. Đây là một di vật quan trọng góp phần tìm hiểu chủ nhân vùng đất này trong giai đoạn lịch sử nói trên.

            Từ sau thế kỷ VII vùng đất Nam Bộ có nhiều biến động về chính trị – văn hóa – tộc người. Vương quốc Phù Nam suy tàn nhưng những cộng đồng cư dân nơi đây vẫn tiếp tục truyền thống Văn hóa Óc Eo trên nền cảnh điều kiện lịch sử xã hội có nhiều thay đổi. Giai đoạn này vùng đất Sài Gòn nằm xa cả hai trung tâm thương mại và chính trị của Đông Nam Á lục địa: trung tâm thương mại – cảng thị chuyển xuống vùng bán đảo Malacca, còn trung tâm chính trị đã được hình thành trên vùng Biển Hồ – Tonle Sap. Mặt khác, sự cộng cư giữa các tộc người bản địa lưu vực Đồng Nai  - Đông Nam Bộ (Mạ, Stiêng…) và người Chăm, người Khmer đã làm cho sắc thái văn hóa nơi đây ngày càng đa dạng. Có thể thấy rõ hiện tượng này qua những di tích và di vật có niên đại thế kỷ VIII – X mới được phát hiện từ Đồng Nai thượng (Đạh Đờng – sông Lớn) xuống Đồng Nai hạ vùng đầm lầy cận biển Bà Rịa (Thù Nại – Bà Lị ) – Vũng Tàu. Khu vực Cần Giờ, vùng thấp trũng Bình Chánh hay trên các đồi gò ở Củ Chi, Hóc Môn vẫn tìm thấy các loại đồ gốm có nguồn gốc xuất xứ khác nhau: hũ, ghè, bình vôi Chăm, đèn gốm tay cầm hình trụ, đế và bầu đèn hình đĩa của văn hóa Óc Eo, bình hũ gốm Khmer, gạch xây dựng kích thước lớn (gạch vồ)… những bàn nghiền và chày nghiền bằng đá (pensani) rất phổ biến trong văn hóa Óc Eo và cả trong văn hóa Chămpa. Dấu tích kiến trúc tôn giáo tìm thấy ở Gò Cây Mai (gạch ngói cỡ lớn, hai mảnh vàng lá chạm, những tấm đá phiến và tượng Visnu bằng sa thạch…), tượng Lokesvara ở khu vực rạch Lò Gốm, những bức tường xây bằng gạch lớn, các tấm phiến thạch và tượng đồng trong cuộc khai quật tại góc đường Lê Hồng Phong – Trần Hưng Đạo, tượng đầu ngựa đá ở chùa Giác Quan (Gò Vấp)…  Một vài dấu tích kể trên quả là vô cùng ít ỏi nhung cũng phản ánh sự tồn tại của một “đô thị cổ” với nhiều kiến trúc tôn giáo và công trình xây dựng khá đồ sộ. Một thực tế của giai đọan này là vùng đất Sài Gòn giữa sông Vàm Cỏ và sông Đồng Nai khá “biệt lập” với trung tâm hai quốc gia cổ Chân Lạp và Champa trong thời gian khá dài từ thế kỷ VIII – XVI, khi lưu dân người Việt, người Hoa đến đây mở mang khai phá.

            Từ đầu thế kỷ XVII, Sài Gòn – Bến Nghé lần lượt trở thành cảng sông – phố chợ – nơi thu thuế (1623), trung tâm chính trị – hành chánh (1689), trung tâm thương nghiệp của “xứ Đàng Trong”, “Gia Định kinh” (1790) của các chúa Nguyễn rồi vương triều Nguyễn (1802). Vị thế quân sự – chính trị – kinh tế – văn hóa của Sài Gòn đối với đồng bằng sông Cửu Long được khẳng định. Trải qua các biến cố quân sự – chính trị trong suốt gần 300 năm, các công trình đồn lũy (lũy Bán Bích – 1772), Thành (thành Gia Định - thành Quy do Nguyễn Anh xây năm 1790, thành Phụng do Minh Mạng xây lại vào năm 1835 trên cơ sở một phần nhỏ của thành Quy), đại đồn Kỳ Hòa và nhiều công trình khác đã thành bình địa nhưng chắc chắn nền móng và dấu tích của chúng vẫn còn ẩn chứa trong lòng đất. Tình trạng phát triển kinh tế – xã hội mạnh mẽ phản ánh qua di tích về hệ thống cảng Bến Nghé, Xóm Lò Gốm, các khu mộ táng, kiến trúc tôn giáo tín ngưỡng như đình, chùa, miếu…

            Khu vực đường Tôn Đức Thắng, rạch Thị Nghè, đoạn sông Bến Nghé gần Ba Son đã tìm thấy hàng ngàn hiện vật gốm gia dụng bằng đất nung của người Việt, người Hoa, người Chăm như nồi đất kiểu nồi đồng, ấm nấu nước, siêu nấu nước, nồi ơ có tay cầm, đèn tráng men trắng, bình vôi, hũ sành, ghè ống… Nhiều hơn là đồ gốm hoa văn men xanh trắng gồm gốm Bát Tràng, gốm Phúc Kiến, Quảng Đông… có cả loại gốm sứ triều Nguyễn đặt Trung Quốc làm. Khu vực này chỉ là một phần của cảng Bến Nghé xưa gồm một hệ thống các bến – chợ dọc rạch Thị Nghè từ đoạn sông Sài Gòn (quãng công xưởng Ba Son) kéo dài theo rạch Bến Nghé vào tận Chợ Lớn, có thể còn theo cả kênh Ruột Ngựa nối liền với hệ thống sông Vàm Cỏ. Là trung tâm thương mại, giao lưu của một vùng sản xuất nông nghiệp và thủ công nghiệp, hàng hóa của hệ thống thương cảng Sài Gòn gồm sản phẩm của các ngành nghề thủ công được tổ chức thành phường hội tập trung ở các khu vực nhất định như Xóm Chiếu, Xóm Chỉ, Xóm Lò Vôi, Xóm Lò Gốm… trong đó nghề làm gốm phát triển lâu dài và rực rỡ nhất. Một phần “Xóm Lò Gốm” của Sài Gòn xưa đã được tìm thấy tại làng Hòa Lục – Phú Định (quận 8). Đó là khu lò Hưng Lợi sản xuất từ giữa thế kỷ XVIII đến đầu thế kỷ XX. Cùng với khu lò Cây Mai (quận 11) vùng Gốm Sài Gòn sản xuất nhiều loại gốm kiến trúc trang trí và gia dụng độc đáo, rất được ưa chuộng không những ở Nam Bộ mà còn ở nhiều vùng miền khác trong cả nước. Nửa đầu thế kỷ XX do quá trình đô thị hoá nên vùng gốm Sài Gòn không còn điều kiện để phát triển sản xuất, truyền thống và kỹ thuật sản xuất “gốm Sài Gòn” sau đó hiện diện ở gốm Biên Hòa (Đồng Nai), gốm Lái Thiêu (Bình Dương)…

            Những khu mộ táng cổ là nguồn sử liệu cung cấp nhiều thông tin quan trọng. Có thể kể đến các khu mộ Vườn Chuối, Phú Thọ, mộ cổ vùng Phú Nhuận, Xuân Thới Thượng, khu mộ cổ Gò Cát và Bình Trưng quận 2, đường Nguyễn Tri Phương, Pasteur, trong khuôn viên Dinh Thống Nhất (Vườn Ong Thượng xưa)… Đáng lưu ý là mộ Xóm Cải: khi giải tỏa nghĩa địa Xóm Cải (quận 5) có hai ngôi mộ hợp chất không có thân nhân thừa nhận, việc bốc dỡ hai ngôi mộ đã phát hiện đây là mộ song táng (Nam tả Nữ hữu), cùng kiểu “trong quan ngoài quách” nhưng mộ người Nữ thi hài khô lại và còn nguyên vẹn, chứa đựng bí mật của một phương thức “ướp xác” độc đáo. Hai ngôi mộ này có niên đại giữa thế kỷ XIX. Gần đây mộ cổ Xuân Thới thượng (Hốc Môn) cũng có một “xác ướp” người Nam tương tự như vậy. Nằm ven rạch Giồng Ông Tố chảy ra sông Sài Gòn, khu mộ cổ Gò Cát (quận 2) hiện còn hàng chục mộ xây đá ong – loại vật liệu xây dựng phổ biến ở đất Gia Định trước thế kỷ XX. Tại đây có hai ngôi mộ hợp chất lớn, 2 bia đá ghi rõ tên tuổi, chức vụ của chủ nhân 2 ngôi mộ. Bia đá trang trí hoa lá, mây rồng khá tiêu biểu của nghệ thuật thời Nguyễn, niên đại hai ngôi mộ này là năm 1819 và 1851. Hầu hết, những ngôi mộ lớn được phát hiện đều là của tầng lớp thượng lưu quan lại sinh sống ở Sài Gòn vào nửa đầu thế kỷ XIX, trong nhiều mộ có nhiều đồ tùy táng quý giá như nhẫn, vòng vàng, lược đồi mồi, ống ngoáy trầu bằng bạc… Nguyên liệu xây mộ là đá ong hoặc hợp chất cát, vôi và ô dước. Hiện nay một số khu lăng mộ của những nhân vật lịch sử thời Nguyễn vẫn được bảo tồn khá tốt.

            Giai đoạn hình thành Bến Nghé – Sài Gòn phản ánh quá trình tụ cư nhanh chóng của người Việt, người Hoa. Trong quá trình khẩn hoang lập ấp, phát triển sản xuất nông nghiệp, thủ công nghiệp, thương nghiệp… lưu dân đã duy trì những phong tục, tập quán, tín ngưỡng, tôn giáo của quê hương làm chỗ dựa tinh thần ở vùng đất mới. Đình, chùa, đền, miếu, hội quán… xây dựng trong khoảng 300 năm nay thể hiện sự đa dạng và hội tụ văn hóa của nhiều cộng đồng cư dân và những sinh hoạt tinh thần của họ. Ngoài sinh hoạt tôn giáo, những ngôi chùa ở đây cũng như nhiều ngôi chùa khác ở Nam bộ còn có những hoạt động xã hội rất tích cực. Tiêu biểu là chùa Giác Lâm (quận Tân Bình) và chùa Giác Viên (quận 11). Lễ hội đình quan trọng nhất là lễ Kỳ yên (Cầu an) với nhiều nghi thức, đặc biệt hát bội là loại hình nghệ thuật không thể thiếu được. Những ngôi miếu, hội quán của người Hoa được xây dựng khá sớm, lưu giữ và thể hiện những nét riêng của cư dân từng bang có nguồn gốc từ các tỉnh Nam Trung Quốc.

            Giữa thế kỷ XIX, ngay sau khi đánh chiếm Bến Nghé – Sài Gòn (1861), để phục vụ việc chiếm đóng và cai trị lâu dài toàn bộ Nam Kỳ, giới chức quân sự Pháp đã chủ trương cải tạo, xây dựng khu vực Bến Nghé từ trung tâm chính trị – quân sự của triều Nguyễn thành “Thủ phủ” của chính quyền thực dân ở Đông dương. Sài Gòn bắt đầu phát triển theo kiểu đô thị Tây phương bằng chương trình quy hoạch khoa học và chi tiết. Từ cuối thế kỷ XIX các dự án thiết kế và xây dựng Sài Gòn chủ yếu dọc theo cảng Bến Nghé, những gò đất cao quanh đó mọc lên các công trình và trở thành khu trung tâm của thành phố. Chợ Lớn khi đó là trung tâm sản xuất thủ công của người Hoa, khoảng đầu thế kỷ XX Chợ Lớn cũng dần được đô thị hóa nhưng vẫn mang sắc thái thương mại buôn bán của “khu phố Tàu”. Sài Gòn – Chợ Lớn nối liền với nhau (bằng hai trục chính là đường Trần Hưng Đạo và 3 tháng 2 ngày nay), song vẫn là hai khu vực: Sài Gòn chủ yếu là trung tâm chính trị – văn hóa còn Chợ Lớn là khu thương mại, tập trung các chợ đầu mối hàng hóa nông sản từ miền Tây lên hoặc đưa về miền Tây.

            Nhiều nhà nghiên cứu cho rằng, Việt Nam cho đến đầu thế kỷ XX vẫn chưa có đô thị và một nền văn hóa đô thị. Các kinh đô thường nặng về chức năng hành chánh và quân sự, mặc dù là trung tâm của đất nước nhưng do luôn chịu tác động mạnh mẽ từ những vùng nông thôn xung quanh nên hầu như tính chất đô thị khá mờ nhạt. Các cảng thị, dù là cảng biển hay cảng sông, thực chất chỉ là những bến chợ trung chuyển, dịch vụ mà không gắn liền với khu vực kinh tế sản xuất hàng hóa. Thành phố Sài Gòn – Chợ Lớn từ khi hình thành và trong quá trình phát triển luôn gắn liền với khu vực sản xuất thủ công nghiệp ở miền Đông Nam bộ và vựa lúa đồng bằng sông Cửu Lon, lúa gạo và nông sản là loại hàng hóa quan trọng bậc nhất. Chừng đó yếu tố cùng với sự hoạch định cụ thể, lâu dài đã biến Sài Gòn – Chợ Lớn trở thành một đô thị – thương cảng kiểu phương Tây: từ  hạ tầng cơ sơ như đường bộ thay thế giao thông trên kênh rạch, hệ thống điện, đường cống ngầm thoát nước, xử lý chất thải và vệ sinh thành phố…) đến việc phát triển những ngành nghề dịch vụ, hình thành tầng lớp thị dân và lối sống, văn hóa đô thị, khu dân cư, khu thương mại, nhà thờ, quảng trường, công sở, các thiết chế văn hóa đô thị (thư viện, rạp hát, rạp chiếu phim, sân vận động… Những kiến trúc lớn như Trụ sở công ty vận tải biển Hoàng Gia (Bến Nhà Rồng), Nhà thờ Đức Bà, Bưu điện, Nhà hát thành phố, Bảo tàng Thành phố, Bảo tàng Lịch sử, Tòa án,  Trụ sở Uỷ ban nhân dân thành phố… hợp thành khu trung tâm ngay từ khi thành phố chỉ mới có vài trăm ngàn dân, trở thành những công trình tiêu biểu do cho sự phù hợp giữa kiến trúc với công năng nhưng không hề lạc hậu dù đã hơn một thế kỷ trôi qua.. Đặc biệt, Sài Gòn còn là nơi hình thành cơ sở công nghiệp đầu tiên, xưa nhất phải kể đến là công xưởng Ba Son được xây dựng trên cơ sở Xưởng Thủy từ cuối thế kỷ XVIII. Từ cuối thế kỷ XIX nhiều nhà máy, công xưởng đã được xây dựng tại đây, Sài Gòn trở thành một trung tâm công nghiệp ở phía Nam.