Theo tài liệu của Bảo tàng Vĩnh Long thì khi chiếm được 3 tỉnh miền Tây Nam Kỳ, sau năm 1867 thực dân Pháp tháo dỡ miếu Hội đồng Vĩnh Long lấy gỗ đem đi cất Tòa bố. Người dân đã đem toàn bộ sắc thần và một số đồ tự khí của miếu về thờ tạm tại đình làng Thiềng Đức. Đến năm 1915, phong trào chấn hưng văn hóa ở Nam Kỳ lan rộng. Bấy giờ ở Vĩnh Long có bà Trương Thị Loan, con gái ông bá hộ Trương Ngọc Lang và bà Lê Thị Danh, vợ ông Đốc phủ Tươi cùng thân hào nhân sĩ địa phương đã đệ đơn, vận động chính quyền thực dân xin tái lập miếu Hội đồng.
Nhưng mãi đến 3 năm sau, năm 1918 Thống đốc Nam Kỳ mới ký quyết định cho phép tái lập ngôi miếu. Hiện nay, trong miếu vẫn còn lưu giữ nguyên bản giấy phép chấp nhận cho khôi phục lại ngôi miếu do Thống đốc Nam Kỳ ký ngày 27.4.1918 và được phóng to đem trưng bày ở khu vực võ ca, phục vụ khách tham quan.
Trân trọng di sản đặc biệt
Sau khi được tái lập, người dân Vĩnh Long đã đóng góp nhiều công sức, tiền của để dựng lại ngôi miếu, như ông Nguyễn Văn Kỷ hiến một mẫu đất, bà Trương Thị Loan đóng góp 4.000 đồng Đông Dương. Lúc bấy giờ giá lúa chỉ có 2 cắc một giạ. Khi ngôi miếu được xây dựng lại xong, để tránh sự dòm ngó của chính quyền thực dân, người dân phải đổi tên miếu Hội đồng thành miếu Công thần và cất một am nhỏ thờ những thanh niên Vĩnh Long tử trận khi sang châu Âu tham gia Chiến tranh thế giới lần thứ I (1914-1918), để khi tổ chức lễ hội nhà cầm quyền Pháp không gây khó dễ.
Năm 1918 Thống đốc Nam Kỳ cho phép tái lập ngôi miếu
Điều quan trọng là hiện nay miếu Công thần còn lưu giữ nguyên vẹn 85 đạo sắc, gần như đầy đủ hệ thống thần linh được triều đình nhà Nguyễn sắc phong thờ cúng ở Nam bộ. Theo tư liệu ông Nguyễn Xuân Hoanh cung cấp thì tháng 12.1848, theo đề nghị của tỉnh Vĩnh Long, vua Thiệu Trị đã cấp cho miếu Hội đồng Vĩnh Long 34 đạo sắc và gia phong thêm 34 đạo sắc. Đến năm 1850, vua Tự Đức gia tặng thêm 17 đạo sắc. Đây là hệ thống thần linh gồm 34 vị nhiên thần và nhân thần.
Nhiên thần bao gồm những vị thần do những người đi khai hoang, mở cõi đem từ quê cũ miền Bắc, miền Trung vào. Trong đó, có những vị thần huyền thoại của người Việt cổ. Những vị thần ở duyên hải miền Bắc, miền Trung, đồng thời cũng có những vị thần tiếp thu từ văn hóa Champa hoặc là những biểu tượng của núi sông, sơn hà xã tắc. Trong số các nhiên thần có vị nữ thần nguồn gốc từ miền Trung là Thiên Y A Na Diễn Ngọc Phi, bà mẹ xứ sở của người Champa. Ngoài ra còn có nhiều vị thần khác như thần Sơn Tinh, Thủy thần, thần Rái cá, thần Bạch mã…
Trong các nhân thần được thờ tại miếu, vị thần có nguồn gốc thời nhà Lê là Phi Vận tướng quân, Tùng Giang Văn Trung, Trung đẳng thần Nguyễn Phục. Ông được tôn thờ là vị thần linh phù trợ người đi biển. Tiếp đến là hai vị thần lúc sinh tiền có công khai phá vùng Thuận Hóa, Quảng Nam, Phú Yên là Đô đốc Bùi Tá Hán và Tham tướng Lương Văn Chánh. Hai vị này được sắc phong Thượng đẳng thần. Bên cạnh còn có những vị có nhiều công lao với sự nghiệp khai phá đất phương Nam như Nguyễn Hữu Cảnh, Nguyễn Cửu Vân, Trần Thượng Xuyên… đều được phong Thượng đẳng thần.
Ông Tư Hiếu nhớ lại, thời chiến tranh, do sợ bị bom đạn, hỏa hoạn bất ngờ nên toàn bộ sắc thần phải đem đi cất giấu. Sau năm 1975, ngôi miếu bị trưng dụng làm cơ quan quân sự. Bấy giờ, có một số người đòi đem sắc đi nơi khác, nhưng nhiều người phản đối với lý do đình miếu phải có bảo vật, không thể đem sắc đi đâu được. May mắn là không bị mất lá nào. Trong khoảng thời gian đó, đến ngày rằm tháng 7 âm lịch một số người tâm huyết vẫn đem lễ vật tới cúng để tưởng nhớ.
“Hiện nay toàn bộ các đạo sắc đều được giữ gìn cẩn thận. Để đề phòng mất mát, cơ quan chức năng đã cho gắn camera giám sát 24/24. Ngoài ra, chúng tôi còn nhờ các chuyên viên ở Thư viện TP.HCM xuống chụp ảnh “số hóa” toàn bộ 85 lá sắc, sao chép nhiều bản để lưu giữ, phòng bất trắc. Mới đây, nhân kỷ niệm 100 năm ngày tái lập miếu Công thần, các đạo sắc được chụp lại, thu nhỏ trong 2 quyển album, đặt trên cái 2 cái giá một bên là nhiên thần, một bên là nhân thần, đồng thời phóng to 10 đạo sắc tiêu biểu, đẹp và nguyên vẹn để phục vụ khách tham quan, tìm hiểu”, ông Nguyễn Xuân Hoanh cho biết.