Ông sinh ngày 3-6-1850 tại tỉnh Courpalay, gần Coulommiers ở Pháp. Cụ thân sinh ra ông là một kỹ nghệ gia nổi tiếng, muốn được thấy ông nối nghiệp, nhưng ông lại không thích ngành nghề của bố mình, và chỉ khoái theo đuổi việc viết lách qua các ngành khảo cổ học, lịch sử, phong tục vv…

Ông trở thành hội viên Hội Khảo Cổ vùng Seine-et-Marne và có vài bài viết về khảo cổ khiến ông được nhiều người biết tới. Từ ngành khảo cổ ông còn đảo qua một vài ngành khác như Dân tộc học và Sử học. Trong lúc đang theo học những bài học về lịch sử tại một Bảo Tàng, ông đã có cơ duyên gặp gỡ ông Paul Bert (sau là Toàn Quyền ở Đông Dương), và cuộc gặp gỡ này đã thay đổi hẳn số mệnh của ông. Trong mỗi ngành học ông đều có một vài tác phẩm được in khá nổi tiếng, nhưng vào thời đó, các tác phẩm đó không đủ nuôi sống người viết, nên ông phải làm việc tại một nhà in, và đã có lúc còn có ý muốn trở thành Giám Đốc nhà in đó, nhưng mộng ước của ông không thành.

Vào năm 1883, lúc 33 tuổi, Dumoutier bỗng cảm thấy có khuynh hướng thích làm việc và thích đời sống ở các thuộc địa, đặc biệt là Bắc Kỳ, một thuộc địa được rất nhiều người nói tới. Thế là ông bắt đầu theo học tiếng Việt lúc đó bị gọi là tiếng An Nam Mít và tiếng Trung Hoa tại Trường Ngôn Ngữ Đông Phương (Ecole des Langues Orientales), và vào năm 1885 ông có thử viết một bài báo nói tới Hoa ngữ trong một tờ Báo về Dân tộc học.

Sau các chuyện xảy ra ở Lạng Sơn vào năm 1886, Paul Bert được bổ nhiệm làm Toàn Quyền ở Trung Kỳ và Bắc Kỳ. Ông Toàn Quyền sực nhớ tới người bạn trẻ ông đã gặp và rủ Dumoutier đi cùng với ông với tư cách là thông ngôn tiếng Việt và tiếng Hoa.

Hai người tới Hà Nội vào ngày 4 tháng Tư, năm 1886.

Vào lúc đó, ở Bắc Kỳ và Trung Kỳ, vấn đề học chính gần như là phải bắt đầu tổ chức và hoàn thiện vì chỉ có ở Hà Nội và ở Lạng Sơn là có lẻ tẻ vài ngôi trường Pháp-Việt, và về mặt những người thông ngôn, thì tất cả đều đến từ Nam Kỳ.

Mặc dù thời gian tại chức của Paul Bert rất ngắn ngủi (8 tháng Tư tới 11 tháng Mười Một, năm 1886) vì ông qua đời vì bệnh lỵ, nhưng ông đã thực hiện được nhiều việc tốt về mặt học chính.

Vào ngày 5-6-1886, ông giao cho Dumoutier, lúc đó đang trông coi các người thông ngôn và công tác thông ngôn, làm “người tổ chức và thanh tra” các trường Pháp-Việt tại Bắc Kỳ, nơi sau này Dumoutier trở thành Giám Đốc Nha Học Chính.

Chỉ trong vòng mấy tháng trời, Dumoutier đã làm việc cực kỳ hiệu quả, và vào lúc Paul Bert qua đời, ở Bắc Kỳ đã có:

- 1 trường thông ngôn;

- 9 trường Pháp-Việt cho nam học sinh;

- 4 trường Pháp-Việt cho nữ học sinh;

- 117 trường tư dạy Pháp văn của người bản xứ ;

Ở Huế có một trường dạy tiếng Pháp cho con cháu những người trong Hoàng tộc và con cháu bọn quan lại.

Ở Hà Nội thành công của Dumoutier là đã lập ra được một dạng Hàn Lâm Viện Bắc Kỳ (Académie tonkinoise) do Nghị định ký ngày 3-7-1886 với một chương trình rộng lớn nhằm vào những việc như: nghiên cứu tất cả những gì có thể nghiên cứu về các sự việc ở Bắc Kỳ - lo giữ gìn bảo tồn các tượng đài, đền đài – giúp cho dân bàn xứ hiểu biết về khoa học hiện đại và các tiến bộ của văn minh bằng cách cho dịch các sách tư liệu bằng Pháp văn sang tiếng Việt – cho thành lập các thư viện - dự tính cho thành lập một Trường Chuyên Ngành và một Trường Nghệ Thuật Trang Trí, và đặc biệt nhất là cho các viên chức theo học chữ Nôm và chữ Hán. Ở đây ta có thể thấy là Paul Bert và Dumoutier đã muốn tránh sai lầm đã xảy ra ở Nam Kỳ là nơi mà người ta đã muốn hoàn toàn Pháp hóa dân bản xứ, khiến họ có nguy cơ trở thành người ngoại quốc ngay trên quê hương họ. Đồng thờ diều này cũng cho thấy là Paul Bert và Dumoutier rất tôn trọng các định chế và phong tục của người bản xứ.