Cụ thể: hồ sơ được thẩm định với quy mô mặt bằng 3 gian 2 chái, nhưng hiện tại công trình được xây dựng với quy mô 5 gian, 2 chái. Cũng theo Cục Di sản, khi xem xét hồ sơ này, Cục đã khảo sát trực tiếp tại di tích và mời PGS-TS Trần Lâm Biền (một chuyên gia kiến trúc, mỹ thuật cổ) cùng tham gia. Thêm vào đó, Bộ VH-TT-DL cũng đã ra văn bản yêu cầu Sở công khai nội dung xây dựng trước nhân dân và chính quyền địa phương trước khi triển khai thực hiện.
Tam quan ở chùa Bổ Đà đang được xây dựng hiện gây tranh cãi về việc có nên xây thêm hay không. Cục Di sản cho rằng việc xây thêm tam quan là hợp pháp khi đã làm đủ thủ tục. Nó cũng phù hợp với việc các chùa thường có tam quan, và các di tích khi tồn tại vẫn có thêm các bộ phận mới.
Thêm vào đó, xây thêm tam quan cũng là mong muốn của người dân địa phương. Trước đó, văn bản đề nghị từ địa phương lên Cục Di sản cho biết, nhà chùa từng có ý định xây dựng tam quan từ những năm cuối thế kỷ 19, đầu thế kỷ 20. Ý định này trước đây chưa thành hiện thực do thiên tai và chiến tranh.
Trong khi đó, theo một số chuyên gia, việc không có tam quan chính là một nét độc đáo về kiến trúc của di tích quốc gia đặc biệt này, vì thế xây thêm tam quan là phá hại di sản. Luồng ý kiến khác cũng cho rằng khi không có cơ sở khoa học thì việc xây thêm tam quan sẽ rất nguy hại do công trình mới khó lòng phù hợp với toàn bộ kiến trúc đang tồn tại. Theo hồ sơ di tích, chùa Bổ Đà không có tam quan. Hiện cũng chưa có một khai quật khảo cổ nào chứng tỏ chùa này từng có tam quan.
