Theo biên bản, kiểm tra thực tế cho thấy 2 cổng phụ cũ hai bên công trình gác chuông đã bị tháo dỡ để xây dựng mới. Hiện đã hoàn thiện một bên cổng, còn một bên đang đình chỉ xây dựng. Hạng mục sân đá trước ngũ môn được lát mới mà chưa có ý kiến của cơ quan có thẩm quyền theo các quy định của pháp luật.
Cục Di sản văn hóa cho biết các hạng mục nêu trên chưa có hồ sơ và chưa được cơ quan có thẩm quyền thẩm định theo quy định pháp luật về di sản văn hóa. Việc xây các hạng mục công trình nêu trên diễn ra trong một thời gian dài, Ban Quản lý di tích, UBND xã, Phòng văn hóa huyện, nhà chùa, Hội Người cao tuổi đều biết nhưng không có biện pháp xử lý cụ thể.
Đoàn kiểm tra nhận định việc nhà chùa tự ý phá bỏ 2 cổng phụ để xây dựng mới và Ban Quản lý đầu tư xây dựng H.Thanh Oai tự ý tiến hành lót bê tông, lát nền đá sân chùa, xây bệ đá gốc cổ thụ, dựng đèn điện chùm, di dời cây lưu niệm trong khu vực bảo vệ II gần trụ biểu hai đầu ngũ môn kiến trúc không phù hợp với cảnh quan kiến trúc chùa Bối Khê. Các hạng mục được xây chưa có sự đồng ý của cơ quan quản lý là vi phạm pháp luật.
Dựa trên hiện trạng trên, đoàn kiểm tra đề nghị UBND TP.Hà Nội làm rõ trách nhiệm, có hình thức kỷ luật đối với tổ chức, cá nhân của chính quyền địa phương trong việc để xảy ra vi phạm. Đoàn kiểm tra cũng đề nghị kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm và có hình thức kỷ luật đối với sư trụ trì chùa Bối Khê.
